草魚(yú)微衛(wèi)星標(biāo)記開(kāi)發(fā)及9個(gè)養(yǎng)殖群體遺傳多樣性分析.pdf

1、草魚(yú)（Ctenopharyngodon idella）在黑龍江、珠江和長(zhǎng)江等水域中分布廣泛，是我國(guó)最重要的淡水養(yǎng)殖魚(yú)類。本研究通過(guò)磁珠富集法，分離篩選多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記400余個(gè)，為草魚(yú)遺傳連鎖圖譜加密工作打下基礎(chǔ)；建立了5組適用于檢測(cè)草魚(yú)不同群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星多重PCR體系；對(duì)來(lái)自國(guó)內(nèi)外共9個(gè)草魚(yú)養(yǎng)殖群體進(jìn)行了遺傳多樣性研究，以期為草魚(yú)種質(zhì)資源的監(jiān)測(cè)、評(píng)估和利用提供理論依據(jù)。主要內(nèi)容如下：
　　1.草魚(yú)多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選與

2、分析
　　通過(guò)改進(jìn)的磁珠富集法，以生物素標(biāo)記(CA)10和(GACA)6作為探針，構(gòu)建以兩堿基和四堿基為重復(fù)單元的草魚(yú)微衛(wèi)星文庫(kù)，一共得到3000余條含有微衛(wèi)星片段的序列。設(shè)計(jì)引物，并依次通過(guò) AGE和PAGE電泳檢測(cè)，成功篩選出多態(tài)性微衛(wèi)星引物465對(duì)，從中隨機(jī)挑選25對(duì)，對(duì)60個(gè)黑龍江草魚(yú)基因組DNA進(jìn)行擴(kuò)增和STR分型，分析其多態(tài)性水平。結(jié)果顯示：此25個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)全部表現(xiàn)出多態(tài)性，每個(gè)位點(diǎn)等位基因數(shù)量在3-15之間，平均值

3、為6.52；觀測(cè)雜合度0.350-0.950；期望雜合度0.439-0.843；3個(gè)位點(diǎn)表現(xiàn)出偏離群體哈迪-溫伯格平衡(P<0.05)；18個(gè)位點(diǎn)顯示出高水平的多態(tài)信息含量(PIC>0.5)，可以作為草魚(yú)遺傳連鎖圖譜加密的備用標(biāo)記，同時(shí)也能夠作為草魚(yú)遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)等研究的理想微衛(wèi)星標(biāo)記。
　　2.適用于檢測(cè)草魚(yú)不同群體遺傳多樣性的微衛(wèi)星多重PCR體系建立
　　通過(guò)從草魚(yú)遺傳連鎖圖譜和自主開(kāi)發(fā)的微衛(wèi)星磁珠富集文庫(kù)中挑選出

4、雜合度高、且位點(diǎn)豐富的多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記共53個(gè)，合成熒光引物，經(jīng)4個(gè)不同野生草魚(yú)基因組 DNA二次篩選、組合，建立起5組多重 PCR體系（共20個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記），通過(guò)來(lái)自沅江、成都、洪湖和安鄉(xiāng)群體共80個(gè)草魚(yú)基因組 DNA進(jìn)行多態(tài)性檢測(cè)。結(jié)果顯示：等位基因數(shù)（Na）介于8-28之間，有效等位基因數(shù)（Ne）介于3.09-19.66之間，觀測(cè)雜合度（Ho）介于0.713-0.975之間，期望雜合度（He）介于0.681-0.955之間，多態(tài)信

5、息含量（PIC）介于0.652-0.947之間，20個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)全部屬于高度多態(tài)性位點(diǎn)（PIC>0.5）。此20個(gè)多態(tài)性微衛(wèi)星位點(diǎn)的多態(tài)信息含量、雜合度和等位基因數(shù)均屬于較高水平，能夠提供豐富的遺傳信息，適用于草魚(yú)不同群體的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)檢測(cè)分析。
　　3.國(guó)內(nèi)外9個(gè)草魚(yú)養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性分析
　　利用自主開(kāi)發(fā)的多重PCR體系，對(duì)來(lái)自長(zhǎng)江流域（沅江、成都、洪湖和常德安鄉(xiāng)）、天津、韶關(guān)以及越南北寧、印度戈勒克布爾和尼泊

6、爾黑道達(dá)共9個(gè)草魚(yú)養(yǎng)殖群體進(jìn)行了遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析。遺傳多樣性分析顯示，所有位點(diǎn)均為高度多態(tài)性位點(diǎn)（PIC介于0.542-0.950），9個(gè)養(yǎng)殖群體顯示出較高的遺傳多樣性水平（Ho介于0.552-0.972），國(guó)內(nèi)6個(gè)以及越南群體的遺傳多樣性水平相對(duì)較高。瓶頸效應(yīng)顯示，9個(gè)群體雜合過(guò)剩嚴(yán)重，除成都群體外，其余群體都不同程度偏離突變-漂移平衡，說(shuō)明由于人為因素，草魚(yú)養(yǎng)殖群體數(shù)量近期發(fā)生驟降，遺傳基因的正常世代傳遞和改變（遺傳漂變）受

7、到嚴(yán)重威脅。群體遺傳分化指數(shù)（FST）和AMOVA分析結(jié)果表示，群體內(nèi)以及群體間均顯示出極顯著遺傳分化，整體分化水平較高（群體間53％達(dá)到了低度或中度遺傳分化，F(xiàn)ST>0.05）。遺傳距離分析和UPGMA聚類樹(shù)結(jié)果顯示，國(guó)內(nèi)6個(gè)群體間遺傳距離較近；越南和國(guó)內(nèi)群體遺傳距離相對(duì)較近，印度和尼泊爾群體較為獨(dú)立。遺傳結(jié)構(gòu)分析顯示，9個(gè)群體被劃為6個(gè)理論群，安鄉(xiāng)和韶關(guān)群體較獨(dú)立，其余3個(gè)長(zhǎng)江流域和天津群體遺傳信息相似，國(guó)內(nèi)群體（除韶關(guān)外）與越南群