應(yīng)用微衛(wèi)星標(biāo)記分析部分中國地方山羊群體的遺傳多樣性.pdf

1、家山羊是中國重要的畜種。近年來由于商業(yè)品種的引入導(dǎo)致地方品種山羊數(shù)量的銳減，甚至有些品種處于瀕危狀態(tài)。我國地方山羊品種的遺傳多樣性研究勢在必行。本研究利用微衛(wèi)星標(biāo)記對中國10個(gè)地方山羊品種(河西絨山羊、中衛(wèi)山羊、陜南白山羊、黃槐山羊、伏牛白山羊、沂蒙黑山羊、魯北白山羊、太行山羊、呂梁黑山羊、濟(jì)寧青山羊)及1個(gè)引進(jìn)品種波爾山羊共計(jì)530個(gè)個(gè)體的遺傳多樣性進(jìn)行了分析研究。結(jié)果如下：
　　 1.采用SRCRSP5、MAF209、TGL

2、A53、ETH10、OarAE54、CSRD247、SRCRSP15、SRCRSP3、MAF065、SRCRSP8、SPS113、INRABERN172、OarFCB20、McM527、ILSTS087和DRBP1共計(jì)16個(gè)微衛(wèi)星座位對11個(gè)山羊品種進(jìn)行了遺傳多樣性分析，共檢測到181個(gè)等位基因，平均每個(gè)位點(diǎn)檢測到11.31個(gè)等位基因；品種特有等位基因總計(jì)28個(gè)。表明這16個(gè)FAO-ISAG推薦的微衛(wèi)星座位能用于我國地方山羊遺傳多樣性的

3、檢測，也表明了我國山羊品種遺傳多樣性豐富。
　　 2.計(jì)算了16個(gè)微衛(wèi)星座位在11個(gè)山羊品種的等位基因頻率，并以其為基礎(chǔ)獲得了各群體的平均雜合度、平均多態(tài)信息含量和平均有效等位基因數(shù)和群體內(nèi)近交系數(shù)，分別為0.605、0.630、3.348和0.126，表明群體內(nèi)的遺傳變異豐富，也表明我國地方山羊品種的遺傳多樣性比引進(jìn)品種波爾山羊高。
　　 3.群體間基因流分析結(jié)果表明太行山羊和河西絨山羊之間有較大的基因流(17.866

4、)，太行山羊和黃淮山羊間的基因流次之(16.76)，而其它的群體之間的基因流基本在一個(gè)較高水平(均值和標(biāo)準(zhǔn)偏差為8.46±4.81)；分子方差分析也顯示95.79％的遺傳變異來源于群體內(nèi)個(gè)體間，只有4.11％的遺傳變異來源于不同群體間的分化。上述結(jié)果表明這10個(gè)地方山羊群體間變異小。
　　 4.本研究的16個(gè)微衛(wèi)星座位在11個(gè)山羊群體中總體上極顯著偏離哈代.溫伯格平衡，總體上處于雜合子缺失狀態(tài)(P<0.01)；從群體看，16個(gè)座

5、位總體上在每個(gè)山羊群體都偏離哈代.溫伯格平衡。從座位看，11個(gè)山羊總體上在CSRD247、ETH10、OARAE54、SRCRSP5、INRABERN172和MCM527座位處于HW平衡(P>0.05)，MAF209、SRCRSP15、ILSTS087和MAF65座位顯著的偏離HW平衡(0.05

6、0.01)。連鎖平衡檢驗(yàn)結(jié)果表明在1320對座位配對/群體中，有638對顯著或者極顯著(P<0.05或P<0.01)偏離連鎖平衡，但沒有任何座位配對出現(xiàn)持續(xù)的連鎖平衡偏離。
　　 5.采用了基于遺傳距離的聚類分析、主成分分析和基于貝葉斯模型的聚類分析三種方法研究了10個(gè)地方山羊群體間的遺傳關(guān)系。計(jì)算了每兩群體間的Nei氏標(biāo)準(zhǔn)遺傳距離(Ds)和，用非加權(quán)組對算術(shù)平均法(UPGMA)和鄰近結(jié)合法(NJ)構(gòu)建了4個(gè)11個(gè)中外山羊群體的

7、系統(tǒng)進(jìn)化樹圖(DA/NJ、Ds/NJ、DA/UPGMA和Ds/UPGM圖)并得到較高的Bootstrap檢驗(yàn)聚類值，4種聚類圖大同小異。主成分分析結(jié)果得到10個(gè)成分，第一主成分和第二主成分分別占45.35％和17.35％，散點(diǎn)圖表明引進(jìn)品種與10個(gè)中國地方品種明顯分開，10個(gè)地方山羊品種遺傳分化較低，按主成分分兩類，并可細(xì)分為4類。基于貝葉斯模型的群體結(jié)構(gòu)分別分析11個(gè)山羊群體中的群體和個(gè)體的的遺傳結(jié)構(gòu)，K=2時(shí)，聚類圖中波爾山羊很明顯

8、的與10個(gè)中國地方山羊群體區(qū)分開。k=3時(shí)，可根據(jù)聚類圖中的不同顏色填充區(qū)域范圍將10個(gè)中國地方山羊群體劃分為兩類。K=4，k=5時(shí)，群體或者個(gè)體Q值普遍變小，難以聚類?；谶z傳距離的聚類分析中的Ds/NJ系統(tǒng)進(jìn)化樹圖、主成分分析的前兩個(gè)主成份分析和基于貝葉斯模型聚類分析中的按K=3時(shí)個(gè)體Q值所得的遺傳結(jié)構(gòu)分析這三個(gè)結(jié)果一致表明，陜南白山羊、濟(jì)寧青山羊、魯北白山羊、黃淮山羊聚為一類，沂蒙黑山羊、太行山羊、伏牛白山羊、河西絨山羊、呂梁黑山