泥蚶SSR、SNP標(biāo)記開發(fā)及在群體遺傳變異分析中的應(yīng)用.pdf

1、泥蚶(Tegillarca granosa)，俗稱血蚶、花蚶、粒蚶，為我國四大海水養(yǎng)殖貝類之一。泥蚶肉質(zhì)鮮美、營養(yǎng)豐富、市場前景廣闊。本文利用泥蚶454轉(zhuǎn)錄組文庫(SRA052081)，分別開發(fā)了139個EST-SSR位點和78個EST-SNP位點，并利用多態(tài)SSR位點對泥蚶四個地理群體進行了遺傳多樣性分析。本研究為泥蚶的種質(zhì)資源保護、遺傳多樣性分析、遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建以及種群鑒定提供有力工具。
　　1、泥蚶多態(tài)性EST-SSR標(biāo)

2、記的批量開發(fā)及重疊群和單拷貝序列序列開發(fā)SSR的差異分析
　　轉(zhuǎn)錄組文庫分為重疊群（contig）序列與單拷貝（singleton）序列，利用SSRHunter軟件搜索這兩種序列中2-6核酸重復(fù)序列且長度不小于12bp。singleton序列中檢出132個SSR位點41對引物獲得穩(wěn)定清晰的條帶，24對引物的擴增產(chǎn)物表現(xiàn)為多態(tài)性。在contig序列中篩選到246個候選位點，其中獲得穩(wěn)定擴增產(chǎn)物的有157個，其中115個表現(xiàn)為多態(tài)性。

3、
　　來源于singleton序列的24個多態(tài)性位點在泥蚶30個體中共獲得84個等位基因，多態(tài)位點等位基因數(shù)介于2-5個，平均等位基因數(shù)為3.5個，PIC值介于0.043-0.696之間，平均值為0.391，觀測雜合度、期望雜合度分別為0.000-0.591、0.045-0.727。24個多態(tài)位點中有11個高度多態(tài)位點（PIC＞0.5）、4個中度多態(tài)位點（0.25＜PIC＜0.5）、9個低度多態(tài)位點（PIC＜0.25）。各多態(tài)位點

4、經(jīng)哈迪-溫伯格平衡檢測，并用Bonferroni correction法進行校正，除Tg10、Tg11、Tg12、Tg17、Tg18、Tg21、Tg24之外，其余位點均顯著偏離 Hardy-Weinberg平衡（P＜0.05）。同時來源于contig序列的115個多態(tài)位點共獲得434個等位基因，多態(tài)位點的等位基因數(shù)為2-10個，平均等位基因數(shù)為3.78。觀測雜合度、期望雜合度與PIC值范圍分別介于0.000-1.000、0.040-0.

5、799和0.038 to0.825。其中29個位點為高度多態(tài)，42個為中度多態(tài)。38個位點顯著偏離Hardy-Weinberg平衡。
　　2、基于轉(zhuǎn)錄組的78個泥蚶多態(tài)性EST-SNP標(biāo)記的開發(fā)
　　泥蚶EST序列拼接后獲得23320個contig序列，利用QualitySNP software對contig序列進行SNP位點篩選，共獲得19329個EST-SNP候選位點，其中轉(zhuǎn)換類型有12401，顛換類型6928。依據(jù)引物

6、設(shè)計原則，隨機選取了275個候選SNP位點進行引物設(shè)計。其中147對引物在泥蚶中獲得穩(wěn)定擴增條帶，在泥蚶群體驗證分型中101對引物獲得準(zhǔn)確分型，78個位點為多態(tài)性位點，轉(zhuǎn)換類型為54個，即A-G和T-C分別占23個、31個；顛換類型為24個即A-C、A-T、G-C和G-T分別占13、4、2和5個。觀測雜合度為0.0000-0.9000，平均值為0.2982；期望雜合度為0.1997-0.5088，平均值為0.4411；最小等位基因為0.

7、0167與0.5000之間。32個位點極顯著偏離哈迪-溫伯格平衡，11個位點為顯著偏離平衡。
　　3、東南沿海4個地理泥蚶群體的遺傳變異分析
　　共采用9個雜合度較高的SSR位點對四個不同地理的泥蚶進行群體分析。9對引物在4個群體的160個體中共得到了76個等位基因，平均等位基因數(shù)為8.44。每個位點得到的等位基因數(shù)介于3到12個。江蘇與浙江群體的遺傳分化程度微弱，廣東與福建也分化微弱。其中分化程度最高的為浙江與福建，其Fs