基于機(jī)器學(xué)習(xí)的miRNA靶基因預(yù)測(cè).pdf_第1頁(yè)
已閱讀1頁(yè),還剩57頁(yè)未讀 繼續(xù)免費(fèi)閱讀

下載本文檔

版權(quán)說(shuō)明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請(qǐng)進(jìn)行舉報(bào)或認(rèn)領(lǐng)

文檔簡(jiǎn)介

1、隨著RNA干擾機(jī)制(RNAi)的發(fā)現(xiàn),非編碼RNA在基因表達(dá)和調(diào)控方面的功能受到了前所未有的關(guān)注,而miRNA因其與生物體的多項(xiàng)調(diào)控功能有著密切聯(lián)系而成為關(guān)注重點(diǎn)。miRNA主要通過(guò)與其靶基因相互作用進(jìn)而調(diào)控基因的表達(dá),因此對(duì)miRNA靶基因的研究有助于理解miRNA的調(diào)控機(jī)制,是研究miRNA調(diào)控功能的關(guān)鍵步驟。
  現(xiàn)有的鑒定miRNA靶基因的實(shí)驗(yàn)技術(shù)價(jià)格昂貴,對(duì)實(shí)驗(yàn)的設(shè)備、環(huán)境以及操作人員的技術(shù)水平要求高,不適合對(duì)miRNA

2、靶基因展開(kāi)大批量、高置信度的鑒定實(shí)驗(yàn)。因此,在研發(fā)新的 miRNA靶基因鑒定實(shí)驗(yàn)技術(shù)的同時(shí),研究者正積極探索使用生物信息學(xué)的方法預(yù)測(cè)miRNA靶基因。目前已有的miRNA靶基因預(yù)測(cè)方法分為基于序列的方法和基于機(jī)器學(xué)習(xí)的方法?;谛蛄械姆椒ㄔ趍iRNA靶基因?qū)嶒?yàn)數(shù)據(jù)少,對(duì)miRNA的靶基因識(shí)別機(jī)制尚不了解的情況下非常適用。然而,隨著miRNA靶基因?qū)嶒?yàn)數(shù)據(jù)的極速增長(zhǎng),基于序列的方法很難從龐大的數(shù)據(jù)中挖掘有效信息,且不能有效模擬復(fù)雜的miR

3、NA作用機(jī)制,因此目前對(duì)miRNA靶基因的預(yù)測(cè)主要集中在基于機(jī)器學(xué)習(xí)的方法上。到目前為止,很多專家和學(xué)者提出了多種基于機(jī)器學(xué)習(xí)的miRNA靶基因預(yù)測(cè)方法,雖然這些方法在miRNA靶基因預(yù)測(cè)中都取得了一定成果,但普遍存在訓(xùn)練樣本集不夠完善、特征提取具有偏向性的問(wèn)題。此外,靶基因特征的優(yōu)化選擇過(guò)程及分類器的使用都相對(duì)比較簡(jiǎn)單。
  針對(duì)以上問(wèn)題,本文提出了新的基于機(jī)器學(xué)習(xí)的miRNA靶基因預(yù)測(cè)方法:首先對(duì)訓(xùn)練樣本集的選取方法做出改進(jìn),

4、引入mirWIP方法中構(gòu)建訓(xùn)練樣本集的方法,結(jié)合蛋白質(zhì)免疫沉淀反應(yīng)得到線蟲(chóng)中的miRNA靶基因作為本文實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)集;其次,在選用具有代表性的miRNA靶基因特征的同時(shí),設(shè)計(jì)提取了三核苷酸使用頻率、三聯(lián)體和部分位點(diǎn)可接近性三類新特征;再次,使用遺傳算法對(duì)特征進(jìn)行選擇與優(yōu)化,在保證預(yù)測(cè)精度的同時(shí)降低特征的維數(shù);最后,分別使用k-最近鄰法、支持向量機(jī)、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)三種分類器在不同實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)集下對(duì)miRNA靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)。
  實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,在不

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無(wú)特殊說(shuō)明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請(qǐng)下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請(qǐng)聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁(yè)內(nèi)容里面會(huì)有圖紙預(yù)覽,若沒(méi)有圖紙預(yù)覽就沒(méi)有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 眾賞文庫(kù)僅提供信息存儲(chǔ)空間,僅對(duì)用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對(duì)用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對(duì)任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
  • 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請(qǐng)與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時(shí)也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對(duì)自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

最新文檔

評(píng)論

0/150

提交評(píng)論