油菜microRNA和靶基因的預(yù)測(cè)與鑒定.pdf

1、MicroRNAs(miRNAs)是一類新鑒定的、非編碼蛋白、長(zhǎng)度約為22 nt的單鏈小分子RNA。大量研究表明miRNA在生物過程中發(fā)揮著重要的作用，包括對(duì)發(fā)育、細(xì)胞增值和凋亡、脅迫響應(yīng)等方面的調(diào)控。在本研究中，我們聯(lián)合了幾種生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)了油菜植物中miRNA及其靶基因。通過把擬南芥、水稻等植物已知的miRNAs與油菜的GSS和EST數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)搜索，經(jīng)過一系列的標(biāo)準(zhǔn)篩選，最后在油菜上鑒定到了21個(gè)miRNAs。再把21個(gè)mi

2、RNAs與油菜的mRNA數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)搜索，找到了67個(gè)靶基因。根據(jù)NCBI(http://www．ncbi.nlm．nih.gov/)上對(duì)靶基因的功能注解，我們發(fā)現(xiàn)，上述大多數(shù)靶基因編碼的產(chǎn)物為轉(zhuǎn)錄因子及重要代謝酶類，它們調(diào)控著植物的生長(zhǎng)發(fā)育，信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)及各種脅迫反應(yīng)。為了驗(yàn)證所預(yù)測(cè)的miRNA，采用了RT-PCR的方法鑒定了5個(gè)油菜miRNAs，并且對(duì)這5個(gè)miRNAs做了表達(dá)分析。結(jié)果表明，這5個(gè)miRNAs對(duì)生長(zhǎng)素、Cd毒害和缺磷