抗凍蛋白序列的模體分析與預(yù)測.pdf

1、抗凍蛋白又稱熱滯蛋白、冰結(jié)合蛋白，是一種具有特殊生物功能的蛋白質(zhì)。在溶液中它能夠吸附到冰晶表面，非依數(shù)性的降低溶液的冰晶生長點(diǎn)溫度，抑制冰晶的生長，而不影響冰晶的熔點(diǎn)溫度，產(chǎn)生熱滯現(xiàn)象。近些年越來越多的抗凍蛋白的氨基酸序列被測定出來，但是結(jié)構(gòu)信息依然很少，抗凍蛋白與冰晶結(jié)合的作用機(jī)制仍然沒有搞清楚。利用信息學(xué)的方法，從抗凍蛋白的氨基酸序列入手，通過分析抗凍蛋白氨基酸序列組分信息和物理化學(xué)特性并尋找特殊序列模體，對于理解抗凍蛋白與冰晶的結(jié)

2、合機(jī)制是非常必要的。
　　本文從UniProt數(shù)據(jù)庫中下載得到了594個抗凍蛋白，并按照來源物種進(jìn)行分類。利用MEME模體搜索工具，分別提取了不同種類抗凍蛋白序列的模體，得到幾個重要的模體，在這些模體序列中疏水氨基酸占很大的比重。
　　本文選取20種氨基酸組分、400種二肽組分、物理化學(xué)特征組分以及二肽組分作為支持向量機(jī)的參數(shù)，在Jackknife檢驗(yàn)下，對抗凍蛋白進(jìn)行預(yù)測。把這594個抗凍蛋白作為正集，把從PISCES軟件