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1、隨著基因組被完全測序的物種數(shù)量的飛速增長，基因組比對成為新的發(fā)展趨勢，基于后綴樹查找最大唯一匹配的方法是進(jìn)行基因組比對時普遍采用的方法。雖然其采用的基于后綴樹的構(gòu)造以及查找最大唯一匹配的算法的時間和空間復(fù)雜度都是線性的，但是空間花費(fèi)較大。此外，用于合并局部空缺的Smith-Waterman算法在空缺數(shù)量較多時，計(jì)算龐大的得分矩陣是Smith-Waterman算法的瓶頸所在。
本文針對這兩方面問題進(jìn)行研究，首先使用后綴數(shù)組代
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