雜交群體中基因組選擇應(yīng)用效果研究.pdf

1、隨著芯片技術(shù)和計(jì)算機(jī)技術(shù)的發(fā)展，覆蓋全基因組單核苷酸多態(tài)性（SNP）標(biāo)記數(shù)據(jù)被大量的獲得，這些遺傳標(biāo)記與數(shù)量性狀位點(diǎn)（QTL）形成連鎖不平衡（LD），利用SNP信息進(jìn)行育種值估計(jì)的基因組選擇也應(yīng)運(yùn)而生?；蚪M選擇具有準(zhǔn)確性高、可縮短世代間隔、降低近交系數(shù)上升速度、加速遺傳進(jìn)展以及能進(jìn)行早期選種等優(yōu)點(diǎn)?；蚪M選擇方法分為最佳線性無偏預(yù)測(cè)（BLUP）類方法和Bayes類，基因組選擇模型有基因組選擇單性狀模型和多性狀模型。目前，基因組選擇在動(dòng)

2、物育種應(yīng)用中，多數(shù)應(yīng)用在純種群體上，而且基本上使用的是基因組選擇單性狀模型，在雜交群體中的應(yīng)用較少，尤其是關(guān)于基因組選擇多性狀模型在雜交群體應(yīng)用的報(bào)道更加少。
　　本研究將傳統(tǒng)BLUP方法以及基因組選擇GBLUP(genomic best linear unbiased prediction)、BLUP|GA(genomic best linear unbiasedprediction with genetic architect

3、ure)的單性狀模型和多性狀模型在杏花雞與隱性白羽洛克雞雜交F2代群的14個(gè)生長(zhǎng)性狀運(yùn)用，旨在研究基因組選擇在雜交群體中的準(zhǔn)確性，以及進(jìn)行早期選種的效果，探討基因組選擇的評(píng)價(jià)方法。按照設(shè)計(jì)的方案進(jìn)行育種值估計(jì)，得到估計(jì)育種值（EBV）和GEBV（GEBV），再進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析得到的如下結(jié)論：
　　（1）傳統(tǒng)BLUP方法和基因組選擇GBLUP方法、BLUP|GA方法在雞雜交群體生長(zhǎng)性狀中運(yùn)用的平均準(zhǔn)確性分別是為0.429、0.514和0

4、.522，平均無偏系數(shù)分別為1.016、1.027、0.913，準(zhǔn)確性最好的是BLUP|GA，無偏性最好的是BLUP。
　?。?）不同留種率下，根據(jù) EBV或 GEBV排名，基因組選擇 GBLUP方法與BLUP|GA方法選留個(gè)體的共同比例比傳統(tǒng)BLUP方法與GBLUP方法選留個(gè)體共同比例、傳統(tǒng)BLUP方法與BLUP|GA方法選留個(gè)體共同比例高，選留個(gè)體的表型平均值都高于全群表型均值，基因組選擇方法選留個(gè)體的表型均值選留高于傳統(tǒng)BL

5、UP方法選留個(gè)體的表型均值。
　　（3）雞雜交群體生長(zhǎng)性狀的基因組選擇多性狀模型與基因組選擇單性狀模型相比，GBLUP多性狀模型的準(zhǔn)確性比GBLUP單性狀模型高0.068，BLUP|GA多性狀模型的準(zhǔn)確性比BLUP|GA單性狀模型高0.133。
　　（4）基因組選擇可以在雞雜交群體中進(jìn)行早期選種，基因組選擇單性狀模型在留種率較少的情況下具有明顯的優(yōu)勢(shì)；基因組選擇多性狀模型中，GBLUP多性狀模型在77日齡時(shí)，對(duì)90日齡目標(biāo)體