核DNA錨定標(biāo)記的篩選及其在勞亞獸總目系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)中的應(yīng)用.pdf

1、本論文共包括三個(gè)部分:
　　 1.介紹了系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)(phylogenomics)的概念,優(yōu)勢(shì)及初步應(yīng)用和勞亞獸總目(Laurasiathefia)內(nèi)系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的不確定性。
　　 2.介紹了“直系同源基因”,以及前人篩選系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)新標(biāo)記的一些方法,分析了這些方法的優(yōu)點(diǎn)和不足之處。然后提出了哺乳動(dòng)物直系同源標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(kù)(Orthologous Mammalian Markers,OrthoMaM),該數(shù)據(jù)庫(kù)能為系

2、統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)分析提供大量可用的標(biāo)記。
　　 3.從OrthoMaM中獲得了447個(gè)錨定標(biāo)記,并且對(duì)每個(gè)標(biāo)記設(shè)計(jì)引物。其中122對(duì)引物能夠在勞亞獸總目的19個(gè)代表種中通過(guò)PCR有效擴(kuò)增出來(lái)。進(jìn)而隨機(jī)選取了8個(gè)標(biāo)記來(lái)測(cè)序進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系和進(jìn)化速率分析。單個(gè)基因的基因樹(shù)在一定程度上解決了問(wèn)題,但是基因樹(shù)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)相互沖突。用"supermatrix"和"supertree"方法構(gòu)成的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)具有相似的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。結(jié)果顯示:勞亞獸總目

3、是由三個(gè)主要類群鯨偶蹄目(Cetartiodactyla),Pegasoferae組群和真盲缺目(Eulipotyphla)組成,并且鯨偶蹄目的單系性被很高的自展值(100),貝葉斯后驗(yàn)概率(1.0),和超樹(shù)特異性簡(jiǎn)約性支持(rQS,reducedqualitative support)指數(shù)(-0.333)所支持。這個(gè)結(jié)果與目前一些哺乳動(dòng)物分子系統(tǒng)學(xué)研究相吻合。另外本研究還揭示了譜系之間的進(jìn)化速率的差異。刺猬(真盲缺目)的同義突變是鯨偶