小分子水簇與蛋白質(zhì)相互作用的分子動(dòng)力學(xué)研究.pdf

1、近年來(lái),有關(guān)小分子水簇的結(jié)構(gòu)、分子行為、氫鍵網(wǎng)絡(luò)等物理化學(xué)性質(zhì)的探索,已經(jīng)成為簇科學(xué)研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)。水分子簇的弱作用普遍存在于生物大分子體系中,對(duì)生物體系中水分子簇間接環(huán)境的功效研究可望為深層次揭示化學(xué)、生命科學(xué)和信息科學(xué)等領(lǐng)域的本質(zhì)問(wèn)題提供有利依據(jù)。
　　 本文中采用分子動(dòng)力學(xué)方法研究了小分子水簇與模型蛋白溶菌酶之間的相互作用,探究了溶菌酶-小分子水簇、溶菌酶-水兩種不同體系中溶菌酶的動(dòng)力學(xué)性質(zhì),為進(jìn)一步深入研究水通道蛋白與水

2、分子簇的作用機(jī)理奠定基礎(chǔ)。
　　 溶菌酶-水體系的動(dòng)力學(xué)研究表明,溶菌酶在普通水環(huán)境中構(gòu)象穩(wěn)定。溶菌酶與水之間的氫鍵作用較弱,僅亮氨酸129和丙氨酸82與水之間的相互作用較強(qiáng)。溶菌酶周?chē)乃姆植驾^純水松散。對(duì)溶菌酶非極性腔內(nèi)絲氨酸91和纈氨酸92的水化層分析,證實(shí)了絲氨酸91為非極性腔內(nèi)的活性位點(diǎn)。
　　 溶菌酶-小分子水簇體系的分子動(dòng)力學(xué)模擬研究表明,溶菌酶和水分子簇之間的氫鍵相互作用較普遍,溶菌酶在小分子水簇溶劑化