臘蛋白跨膜區(qū)相互作用的分子動(dòng)力學(xué)模擬研究.pdf

1、分化抗原36(CD36)，血小板膜糖蛋白(Glycoprotein，GP)，DNAX激活蛋白12(DAP12)都是本實(shí)驗(yàn)室研究的膜蛋白，它們在細(xì)胞膜上具有多種功能，作用十分關(guān)鍵。課題組使用多種生化實(shí)驗(yàn)的方法來研究這些其跨膜區(qū)相互作用，已經(jīng)得到了很多有重要意義的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。發(fā)現(xiàn)其跨膜區(qū)部分能通過相互作用在膜內(nèi)發(fā)生寡聚現(xiàn)象，調(diào)控了膜內(nèi)外的信號傳導(dǎo)。因此，使用分子動(dòng)力學(xué)模擬方法來進(jìn)一步研究跨膜螺旋如何在雙層膜中自組裝，并形成具有生物功能的寡聚復(fù)

2、合物。
　　 首先，使用全原子模擬的方法研究了CD36跨膜區(qū)1野生型和突變型G16I的裝配特性。發(fā)現(xiàn)G8對裝配影響非常低;G12對裝配影響略高于G8; G16和A20還有G23等3組氨基酸之間有強(qiáng)烈相互作用，對二聚裝配有關(guān)鍵作用。其突變體G16I不能形成穩(wěn)定二聚體。
　　 接著，通過全原子模擬方法觀察了GPIB-IX復(fù)合物跨膜區(qū)的裝配過程。發(fā)現(xiàn)復(fù)合物跨膜區(qū)中的幾個(gè)極性氨基酸的確主導(dǎo)了的寡聚。IBα通過靠近N端的Y492，

3、C端的A502和S503來與IBβN端的Q129和C端的H139裝配，而Ⅸ通過靠近N端的D135和C端的多個(gè)疏水氨基酸來與IBβN端的Q129和C端的疏水氨基酸裝配。
　　 最后，多次粗粒化模擬了DAP12跨膜區(qū)的二聚裝配過程，獲得了量化的結(jié)果。發(fā)現(xiàn)在交叉角分布圖中，V42野生型的左手裝配出現(xiàn)的次數(shù)高于右手裝配，而且2個(gè)跨膜螺旋之間的接觸區(qū)域是很集中的，在隨后的全原子模擬結(jié)果中也證明了左手裝配是穩(wěn)定的裝配方式。非破壞性突變的確能