從序列預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子的相互作用.pdf

1、中山大學(xué)碩士學(xué)位論文從序列預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子的相互作用姓名：李百成申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專(zhuān)業(yè)：信號(hào)與信息處理指導(dǎo)教師：戴憲華20070508中山大學(xué)碩上學(xué)位論文P r e d i c t i n g t r a n s c r i p t i o nf a c t o r si n t e r a c t i o nf r o m s e q u e n c eM a j o r ：S i g n a la n d i n f o r m a t

2、 i o n p r o c e s s i n gN a m e ：L iB a i e h e n gS u p e r v i s o r ：P r o f e s s o r D a i X i a n h u aA B S T R A C TI nt h e2 0 t hc e n t u r y ．1 i f es c i e n c eq u i c k l yd e v e l o p m e n t , r e g a

3、 r d l e s so ff r o mt h eq u a n t i t yo rf r o mt h eq u a l i t y ，a l l h a s e n r i c h e dt h eb i o l o g i c a ld a t ar e s o u r c e s ．H a v i n gt h i s m a s s i v ed a t a , w ew e r ea l l o w e dt oh a

4、 v ea m o r ep r o f o u n du n d e r s t a n d i n g t og e n ee x p r e s s i o n , 鵲w e l la sc o m p l e x b i o l o g yq u e s t i o n ．T r a n s c r i p t i o nf a c t o r ．h a st h ep i v o t a lf u n c t i o n t

5、ot h ee u k a r y o t i c g r o w t h , b u tt h e s e r e g u l a t i o n m o s t l yi s n o tt r a n s c r i p t i o nf a c t o r t O b e a l l o w e d i n d e p e n d e n t l yt o c o m p l e t e ，n e e d so t h e rt

6、r a n s c r i p t i o n f a c t o rc o o p e r a t i o n t of o r m t h ep r o t e i n c o m p o u n d t oc o m p l e t e g e n e e x p r e s s i o n ,W e p r o p o s e d a s e q u e n c e ·b a S e d m e t h o d t O

7、 p r e d i c t t r a n s c r i p t i o n f a c t o ri n t e r a c t i o n , a n d h a v eu s e d t h e g e n o m es e q u e n c e i n f o r m a t i o n , f o r e x a m p l e ，t h ed i s t a n c e ，t h ed i r e c t i o na

8、 n d t h e p h a s eb e t w e e n t h em o t i f s ．B e c a u s eB a y e s i a nN e t w o r km a y p r o c e s st h e i n c o m p l e t ed a t aa n dt h e n o i s i l yd a t as e t , i tu s e d t h e p r o b a b i l i t

9、ym e a S u l ' et os o l v et h ed a t an o n u n i f o r m i t y , e v e n W a S t h ei n d e p e n d e n t q u e s t i o n , 髂w e l la sd e s c r i b e dt h ed a t aw i t ht h eg r a p h , t h i sW a Sh e l p f u l

10、t o u s e d a t ar e l 砒i o nc a r r i e so nt h e p r e d i c t a n a l y s i s ．T h e r e f o r e ．w eu ∞B a y e s i a nN e t w o r k t od e s c r i b et h i sm o d e l ．W eu s e d t h e y e a S t c h i p d a t a t o c

11、 o n f i r m t h i s m e t h o d , a n d 1 6 5 s i g n i f i c a n ti n t e r a c t i o n s w e r e i d e n t i f i e d ．1 r I 地s e i n c l u d e d m o r e t h a n 9 5 ％o ft h e k n o w np r o t e i n ·p r o t e i n

12、 i n t e r a c t i o n s ．W e a l s o d i s c u s s e d i n g e n o m e e x i s t e n c e s o m ec h a r a c t e r i s t i cu s i n gt h ep r e d i c tr e s u l t , f o re x a m p l e ，a f f e c t st r a n s c r i p t i

13、o nf a c t o r st O t h ed i s t a n c e ，t h e d i r e c t i o n , t h ep h a s eh a s t h ec e r t a i nt e n d e n t i o u s n e s s ．O u rp r e d i c t i o na n dc h a r a c t e r i z a t i o no f T Fi n t e r a c t

14、i o n sm a y h e l pt ou n d e r s t a n dt h ee u k a r y o t i cr e g u l a t o r yn e t w o r k ．K e y w o r d s ：b i o i n f o r m a t i c s ，t r a n s c r i p t i o nf a c t o r , d a t a m i n i n g ，B a y e s i a