三種鳈屬魚(yú)類(lèi)線(xiàn)粒體全基因組的測(cè)序與比較.pdf

1、華鳈、小鳈和黑鰭鳈，隸屬于鯉形目（Cypriniformes）鯉科(Cyprinidae)鮈亞科(Gobioninae)鳈屬(Sarcocheilichthys)。鳈屬魚(yú)類(lèi)是中國(guó)分布較廣泛的中下層水體的小型魚(yú)類(lèi)，由于其肉質(zhì)細(xì)嫩、營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高、色澤鮮亮、體型較小、易飼養(yǎng)等特點(diǎn)，作為肉用和觀賞兼用魚(yú)類(lèi)受到人們的喜愛(ài)。目前，國(guó)內(nèi)外在鳈屬魚(yú)類(lèi)的分類(lèi)、分布、食性、飼養(yǎng)馴化等方面進(jìn)行了零星的報(bào)道，而在其遺傳結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)發(fā)生方面則缺乏系統(tǒng)的研究與報(bào)道。本

2、研究以PCR擴(kuò)增技術(shù)為基礎(chǔ)，成功獲得了華鳈、小鳈和黑鰭鳈線(xiàn)粒體基因組DNA的全序列，利用生物物信息學(xué)相關(guān)軟件進(jìn)行了基因結(jié)構(gòu)和特征的比較分析,聯(lián)合已知線(xiàn)粒體基因組的鯉科部分魚(yú)類(lèi)進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建及分析,同時(shí)采用多個(gè)線(xiàn)粒體DNA片段標(biāo)記探討了已知序列的五種鳈屬魚(yú)類(lèi)的遺傳分化和系統(tǒng)發(fā)生情況。研究結(jié)果為我國(guó)鳈屬魚(yú)類(lèi)的分類(lèi)和種間親緣關(guān)系的研究、資源利用和保護(hù)提供提供了科學(xué)依據(jù)。主要研究結(jié)果如下：
　　1.成功獲取了鳈屬三種魚(yú)類(lèi)的mtDN

3、A全序列，三種魚(yú)的mtDNA的長(zhǎng)度分別為華鳈：16683 bp，小鳈：16674 bp，黑鰭鳈：16679 bp。其基因排列順序與己知鯉科魚(yú)類(lèi)線(xiàn)粒體基因組一致,均包括13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因、22個(gè)tRNA基因、2個(gè)rRNA基因(12SrRNA和16SrRNA)和一個(gè)非編碼區(qū)(D-Loop區(qū))。其中tRNAGln、tRNAPro、tRNAAla、tRNAGlu、tRNACys、tRNAAsn、tRNATyr和tRNASer(UCN)8個(gè)tR

4、NA基因與ND6共9個(gè)基因由L鏈編碼,其余28個(gè)基因則是由H鏈編碼。
　　2.華鳈、小鳈和黑鰭鳈的A+T含量分別為56.78％、56.34%、56.45%,平均A+T含量56.52%，明顯高于G+C含量，表現(xiàn)出明顯的A+T偏好性。A+T富集的D-Loop區(qū)，A+T含量平均值高達(dá)67.71%，明顯高出全序列的平均值。
　　3.13個(gè)蛋白編碼基因除COX1以GTG為起始密碼子，其余12個(gè)均以ATG為起始密碼子。其中ND6基因由L

5、鏈編碼，H鏈編碼其余的蛋白編碼基因。三種魚(yú)的蛋白編碼基因的長(zhǎng)度分別為：華鳈（11427bp）、小鳈（11424 bp）、黑鰭鳈（11421 bp）。其長(zhǎng)度差別表現(xiàn)在在ND2，ND4L和Cytb三個(gè)蛋白編碼基因上。
　　4.通過(guò)進(jìn)化樹(shù)的遺傳距離可知三種鳈屬魚(yú)類(lèi)中，華鳈和小鳈的親緣關(guān)系相對(duì)較近。通過(guò)Cytb,D-Loop區(qū)所構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)和全序列構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)所得結(jié)果基本一致。而12S和16S兩個(gè)核糖體RNA相對(duì)比較保守。本研究結(jié)果表明親