基于最優(yōu)搜索的基因可變剪接的預(yù)測(cè).pdf

1、可變剪接是由于基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的mRNA前體中的外顯子在分離和重新連接時(shí)，進(jìn)行的可變的重新組合的過(guò)程。這些不同的線(xiàn)性組合在翻譯過(guò)程中會(huì)導(dǎo)致不同的蛋白質(zhì)產(chǎn)物被合成。這種可變剪接在蛋白質(zhì)的多樣性和多種生命調(diào)節(jié)過(guò)程中有著重要的意義。因此，可變剪接在基因的調(diào)控和蛋白質(zhì)的合成的研究中，有非常重要的地位。在分析和比較了傳統(tǒng)的搜索可變剪接模式的算法和軟件的優(yōu)缺點(diǎn)的基礎(chǔ)上，本文提出了一種新的搜索可變剪接模式的方案。這個(gè)方案所采用的算法是基于以下假設(shè)：cDN

2、A序列與對(duì)應(yīng)基因的最佳聯(lián)配等同于cDNA與mRNA的最佳聯(lián)配。利用這個(gè)算法，我們建立了基于最優(yōu)搜索的基因可變剪接預(yù)測(cè)平臺(tái)，并以此最優(yōu)預(yù)測(cè)搜索平臺(tái)為引擎構(gòu)建一個(gè)水稻的可變基因剪接數(shù)據(jù)庫(kù)，并將最終結(jié)果在網(wǎng)頁(yè)上功能化顯示。本文的具體工作如下：
　　1.系統(tǒng)介紹了可變剪接的理論基礎(chǔ)和意義，并對(duì)現(xiàn)有的可變剪接模式的搜索方式以及所采用的策略進(jìn)行系統(tǒng)的總結(jié)。
　　2.設(shè)計(jì)和開(kāi)發(fā)了各種外圍功能模塊，包括數(shù)據(jù)獲取、數(shù)據(jù)驗(yàn)證、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)庫(kù)

3、通信。
　　3.設(shè)計(jì)并開(kāi)發(fā)了基于BLAST的可變剪接搜索模塊ASD（Alternative Splicing Detective）和相關(guān)的Parser模塊，作為整個(gè)系統(tǒng)的核心部分。
　　4.建立了水稻可變剪接數(shù)據(jù)庫(kù)，作為系統(tǒng)的另一個(gè)重要組成部分。
　　6.設(shè)計(jì)和實(shí)現(xiàn)了網(wǎng)頁(yè)可視化的后臺(tái)操作和管理模塊。
　　通過(guò)這些工作，我們可以用這個(gè)可變剪接平臺(tái)預(yù)測(cè)搜索水稻的可變剪接模式，可以用于相關(guān)的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)，以指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)的