微衛(wèi)星標(biāo)記應(yīng)用于克氏原螯蝦的半同胞家系分析和親子鑒定.pdf

1、本文選用10個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)對(duì)克氏原螯蝦的半同胞家系進(jìn)行分析和親子鑒定，首先用10個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)對(duì)隨機(jī)選取48個(gè)克氏原螯蝦個(gè)體進(jìn)行多態(tài)性檢測(cè)，計(jì)算出48個(gè)個(gè)體在10個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)基因座上的平均觀測(cè)雜合度0.3455，平均期望雜合度為0.6224，平均香農(nóng)指數(shù)為1.1335，平均多態(tài)信息含量是0.5656，根據(jù)檢測(cè)結(jié)果，獲得了個(gè)體之間的遺傳距離并且繪制了UPGMA聚類分析圖，結(jié)果表明基于克氏原螯蝦的這10個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的多態(tài)性可以測(cè)量出各個(gè)個(gè)體間的

2、遺傳距離，這10個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)可以應(yīng)用于克氏原螯蝦遺傳多樣性的分析。
　　在半同胞家系分析中，人工建立半同胞家系，對(duì)隨機(jī)選取的成年的三個(gè)雌蝦和兩個(gè)公蝦放入同一個(gè)水缸內(nèi)讓其自由交配，三個(gè)雌蝦分別抱卵后，從這三個(gè)家系中分別取14、14、15個(gè)子代及對(duì)應(yīng)的親本進(jìn)行3個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的基因型檢測(cè)，對(duì)檢測(cè)結(jié)果利用GERUD2.0軟件分析，顯示第一個(gè)半同胞家系內(nèi)的子代最少有兩個(gè)父本，第二個(gè)半同胞家系內(nèi)的子代最少有三個(gè)父本，第三個(gè)半同胞家系內(nèi)的子代最

3、少有四個(gè)父本，證明了克氏原螯蝦的交配方式是一對(duì)多進(jìn)行的，同時(shí)也說(shuō)明在實(shí)驗(yàn)前，雌蝦已經(jīng)和其他雄蝦交配過(guò)。
　　在親子鑒定的實(shí)驗(yàn)中，實(shí)驗(yàn)材料為在半同胞家系實(shí)驗(yàn)中的材料，由于一個(gè)雌蝦可以和多個(gè)雄蝦進(jìn)行交配，產(chǎn)生的后代可以有多個(gè)父本，1號(hào)和2號(hào)為可疑父本，3號(hào)為第一個(gè)母本，從4號(hào)到17號(hào)為3號(hào)的子代，18號(hào)為第二個(gè)母本，19號(hào)到32號(hào)為18號(hào)的子代，33號(hào)為第三個(gè)母本，34號(hào)到48號(hào)為33號(hào)的子代。利用CERVUS3.0軟件計(jì)算這10個(gè)微

4、衛(wèi)星位點(diǎn)的觀測(cè)雜合度范圍為0.354-0.896，期望雜合度范圍為0.588-0.807，平均期望雜合度為0.7193，多態(tài)信息含量為0.521-0.767，平均多態(tài)信息含量為0.6662，平均每個(gè)位點(diǎn)有5.6個(gè)等位基因。測(cè)量這10個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)親子排除率是:當(dāng)兩個(gè)親本基因型未知時(shí)，則測(cè)得每一個(gè)位點(diǎn)的親本排除率(E-1P)范圍是0.177-0.417;當(dāng)一個(gè)親本基因型已知時(shí)，測(cè)得另一個(gè)親本的排除率(E-2P)范圍是0.325-0.596;

5、測(cè)得一對(duì)親本組合的雙親排除率(E-PP)是0.487-0.794，則10個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的第一親本累計(jì)非父排除概率是0.97616685，第二親本的累計(jì)非父排除概率是0.99869019，雙親的累計(jì)排除概率是0.99998479。進(jìn)一步的模擬分析，當(dāng)雙親性別知道時(shí)，模擬子代選取10000個(gè)，候選母本是3，候選父本是2，親本和子代的模擬配對(duì)率為100％;在雙親性別未知時(shí)，以100％的鑒定率和95％的置信度標(biāo)準(zhǔn)下，這10個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)可在最多有4

6、5個(gè)親本并且雙親未知的情況下做親子鑒定，已經(jīng)滿足了大多數(shù)的同塘繁育實(shí)驗(yàn)需求。在親權(quán)鑒定時(shí)，結(jié)果顯示兩個(gè)可疑父本都不是這43個(gè)子代的親生父本，這43個(gè)子代都找到了母本，4號(hào)到17號(hào)這14個(gè)子代的母本是3號(hào)個(gè)體，19號(hào)到32號(hào)這14個(gè)子代的母本18號(hào)個(gè)體，34號(hào)到48號(hào)這15個(gè)子代的母本是33號(hào)個(gè)體。測(cè)量這48個(gè)克氏原螯蝦的遺傳距離，然后根據(jù)遺傳距離繪制了UPGMA聚類分析圖也證明了這兩個(gè)可疑父本不是仔蝦的生父，親權(quán)鑒定結(jié)果和UPGNA聚類

7、分析圖相符合，表明這10個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)可以應(yīng)用于克氏原螯蝦的親子鑒定。
　　基于獲得的三個(gè)半同胞家系遺傳分析數(shù)據(jù)，本文提出了一種有效的鑒別克氏原螯蝦不同家系的分子標(biāo)記方法，在前述親子鑒定的實(shí)驗(yàn)中我們得出三個(gè)半同胞家系的親本沒(méi)有任何關(guān)系，是完全獨(dú)立的三個(gè)半同胞家系，我們用遺傳分析軟件Population軟件分析這三個(gè)家系個(gè)體之間的遺傳距離并構(gòu)建UPGMA進(jìn)化樹，通過(guò)Population軟件計(jì)算出半同胞家系或全同胞家系個(gè)體之間的遺傳距離