中國(guó)文昌魚cDNA文庫(kù)的分析及免疫相關(guān)基因的研究.pdf

1、中山大學(xué)博士學(xué)位論文中國(guó)文昌魚cDNA文庫(kù)的分析及免疫相關(guān)基因的研究姓名：董美玲申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：生物化學(xué)與分子生物學(xué)指導(dǎo)教師：徐安龍20050608中山大學(xué)博士學(xué)位論文：中國(guó)文昌魚cDNA文庫(kù)的分析及免疫相關(guān)基因的研究種文昌魚之間的差異。初步的分析顯示，只有294％的ESTclusters是兩者共有的，其中9508條ESTs來(lái)自我們的數(shù)據(jù)庫(kù)而5547條ESTs來(lái)自佛羅里達(dá)文昌魚。我們重點(diǎn)對(duì)這些序列中的免疫相關(guān)的基因進(jìn)行了分析，通

2、過(guò)生物信息學(xué)的分析，我們得到與免疫相關(guān)的291條consensus序列，其中183條ESTs是singleton754條ESTs拼接成108條clusters，并將它們按照BLAST比對(duì)上的基因功能分成10類。分析這些免疫相關(guān)基因在不同文庫(kù)中的分粕情況，可以發(fā)現(xiàn)消化道，神經(jīng)胚和卵巢文庫(kù)是這些免疫相關(guān)基因的主要來(lái)源(占了總數(shù)的80，1％)。在這些數(shù)據(jù)里面我們發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)與重排基因酶(RAGs)相關(guān)的基因(RGA、RCHl)，另外還發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)

3、免疫球蛋白超家族成員上VCBP和VCP，其中VCP(望一andCdomainbearingprotein)是一個(gè)新的免疫球蛋白超家族成員。另外在我們的數(shù)據(jù)中，發(fā)現(xiàn)許多與NtC抗原呈遞相關(guān)分子有同源性的序列，例如與抗原分解和轉(zhuǎn)運(yùn)有關(guān)的酶和轉(zhuǎn)運(yùn)分子，還有分子伴侶等等，而在高等脊椎動(dòng)物中這些分子中的一部分恰好位于MHc區(qū)域內(nèi)。我們也發(fā)現(xiàn)部分和參與先天性和適應(yīng)性免疫中信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)桶關(guān)的分子有同源性的序列，包括了一些膜受體分子——典型的cD類分子(C

4、D9，CD20，CD53，CD63，CD8】and@82)和％umor_necrosisfactor(TNF)receptor，細(xì)胞因子(pre—B—cellcolony—enhancingfactor)，激酶分子(MAPK通路里面的一些成員)，轉(zhuǎn)錄因子(earlyBcellfactor，ETSandlymphoidtranscriptionfactor)。其中我們對(duì)上述十大類免疫相關(guān)基因中的七個(gè)免疫相關(guān)基因(RGA、RCHI、GILT