文昌魚(yú)GNBP和LITAF基因進(jìn)化、功能及免疫相關(guān)microRNA比較轉(zhuǎn)錄組分析.pdf

1、形態(tài)學(xué)以及分子生物學(xué)的證據(jù)表明文昌魚(yú)是脊索動(dòng)物中的基底生物，是研究脊椎動(dòng)物形態(tài)、發(fā)育以及免疫系統(tǒng)的起源與進(jìn)化的重要模式生物。隨著比較免疫學(xué)的迅速發(fā)展，以及佛羅里達(dá)文昌魚(yú)基因組測(cè)序的完成，關(guān)于文昌魚(yú)免疫的研究越來(lái)越引起人們的關(guān)注。因此，本論文在文昌魚(yú)EST數(shù)據(jù)庫(kù)的基礎(chǔ)上以文昌魚(yú)免疫相關(guān)基因LITAF、GNBP以及免疫相關(guān)microRNA為研究對(duì)象，通過(guò)分子克隆、實(shí)時(shí)定量、基因芯片、比較基因組學(xué)以及免疫生物學(xué)等檢測(cè)手段得到以下幾個(gè)方面的研究

2、結(jié)果：
　　1.本論文首先系統(tǒng)的對(duì)文昌魚(yú)五個(gè)發(fā)育階段的EST序列進(jìn)行了比較分析，通過(guò)聚類(lèi)拼接在卵、原腸胚、神經(jīng)胚、幼蟲(chóng)及成蟲(chóng)中分別得到3364、3230、10，299、4052、3866個(gè)contig序列以及193、183、933、178、151個(gè)singlet序列。在這些序列中共預(yù)測(cè)得到25796個(gè)ORF，其中有6529個(gè)預(yù)測(cè)的ORF能夠與Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)中已知的蛋白序列相匹配。同時(shí)也對(duì)不同發(fā)育階段的基因進(jìn)行了GO功能注釋?zhuān)?/p>

3、結(jié)果顯示在神經(jīng)胚階段的GO注釋要明顯高于其它發(fā)育階段。同時(shí)從BLASTx的結(jié)果中找到20個(gè)可能與免疫相關(guān)的基因，為后續(xù)免疫基因功能的研究提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。此外，我們還對(duì)這些基因進(jìn)行了microRNA靶標(biāo)分析。最后基于以上分析結(jié)果構(gòu)建了文昌魚(yú)EST數(shù)據(jù)庫(kù)http：//rich.yunda.org/test/amphioxusest/。
　　2.GNBP蛋白是一個(gè)重要的模式識(shí)別蛋白，能夠驅(qū)使宿主抵御病原微生物的入侵。從白氏文昌魚(yú)中克隆了

4、一個(gè)GNBP基因，命名為AmphiGNBP，該基因編碼558個(gè)氨基酸，序列分析表明該基因包含一個(gè)保守的β-1，3-葡聚糖識(shí)別與結(jié)合結(jié)構(gòu)域，與其它物種不同的是該基因還包含兩個(gè)額外的WSC結(jié)構(gòu)域。對(duì)該基因的組織表達(dá)模式分析發(fā)現(xiàn)該基因主要是在文昌魚(yú)的免疫組織肝盲囊及腸中高表達(dá)。脂多糖(LPS)刺激實(shí)驗(yàn)表明LPS能夠誘導(dǎo)該基因的表達(dá)。這些研究揭示了文昌魚(yú)AmphiGNBP基因與其它已知基因的共性與特性，為深入的研究GNBP基因的功能與進(jìn)化提供了

5、基礎(chǔ)。
　　3.TNF-α是一個(gè)重要的細(xì)胞因子，在LPS刺激的條件下能夠調(diào)節(jié)先天免疫反應(yīng)。脂多糖誘導(dǎo)的TNF-α因子(LITAF)是近年來(lái)新發(fā)現(xiàn)的一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子能夠調(diào)控TNF-α以及一些其它炎癥因子的表達(dá)。本論文首次在白氏文昌魚(yú)中克隆得到了一個(gè)LITAF基因，命名為AmphiLITAF，該基因的DNA序列長(zhǎng)度大概有1.6kb左右，能夠轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生一個(gè)827個(gè)堿基的cDNA序列，編碼127個(gè)氨基酸。序列分析表明該基因包含一個(gè)保守的LITA