基于DrSNP系統(tǒng)的SNP篩選策略的研究和實現(xiàn).pdf

1、人類基因組計劃的逐步完成使得研究基因組之間的個體差異成為可能，單核苷酸多態(tài)性(SNP)就是個體差異中最主要的一種。個體間SNP的差異影響了人們罹患疾病的不同風險和對藥物的不同反應。因而研究SNP位點與疾病相關性對于多基因疾病的診斷和治療有著重要的意義?；诖?，實驗室開發(fā)了一套利用生物芯片技術批量的檢測大樣本SNP基因型的流程。作為這個流程的重要環(huán)節(jié)，本文從生物信息學的角度設計了疾病相關的SNP數(shù)據(jù)庫平臺系統(tǒng)(DrSNP)，并著重研究了S

2、NP的篩選。 在進行SNP與疾病的相關性研究中，涉及到大量的信息，其中包括SNP位點信息，病人樣本信息和生物芯片實驗的相關信息。在本文中，我們構建了DrSNP數(shù)據(jù)庫平臺來篩選、管理和分析這三部分數(shù)據(jù)，并完整提供了從SNP篩選到病人樣本管理，再到生物芯片實驗，最后獲得實驗的統(tǒng)計分析結果一系列功能。 在一次完整地研究流程中，SNP的篩選作為流程的第一步往往對后續(xù)的芯片實驗的成功與否起著至關重要的影響。針對SNP的篩選，本

3、文從基因組結構的角度，提出了多種SNP篩選方法。同時，我們對這些方法的實現(xiàn)難度和優(yōu)先級進行了評價。最終給出了篩選SNP的一般思路。 SNP的篩選是基于大量的基因組序列數(shù)據(jù)及其注釋信息進行的。我們從NCBIGenebank、UCSCgenome、dbSNP、dbTSS、peseudogene、Transfac等國際數(shù)據(jù)庫獲取了大量原始序列數(shù)據(jù)后，利用多種生物信息學方法在這些原始數(shù)據(jù)中挖掘二次信息，得到了詳盡的全基因組編碼基因啟動

4、子區(qū)的各種調控元件的信息?；谶@些信息，我們構建了篩選相關的數(shù)據(jù)庫。通過數(shù)據(jù)庫結構優(yōu)化，我們還實現(xiàn)了數(shù)據(jù)的自動更新以及模糊查詢等功能。 最后，在構建SNP篩選數(shù)據(jù)庫的基礎上，我們利用JSP技術實現(xiàn)了基于web的SNP查詢系統(tǒng)。在這個過程中，我們設計了一個可以同時顯示基因模型和SNP表單的頁面結構。這個篩選頁面可以實現(xiàn)從基因、基因家族、染色體等多個層面上的SNP的檢索和篩選。同時它還作為一個有效的框架，可以為今后的其它SNP篩選