基于高通量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的大菱鲆SNP標記篩選及相關(guān)功能基因的研究.pdf

1、大菱鲆(Scophthalmus maximus)是原產(chǎn)歐洲沿海的一種特有的名貴低溫經(jīng)濟魚類。黃海水產(chǎn)研究所于1992年“跨洋引種”將其引入我國,目前已成為我國北方沿海工廠化養(yǎng)殖業(yè)的主導品種之一。由于目前環(huán)境改變,以及養(yǎng)殖區(qū)域不斷擴大,因此對大菱鲆的分子遺傳改良已成為節(jié)能環(huán)保、提高養(yǎng)殖效益和健康化養(yǎng)殖水平的當務之急。隨著第二代測序技術(shù)的快速發(fā)展,高通量轉(zhuǎn)錄組測序成本大幅降低,為SNP標記的大規(guī)模篩選提供了契機。本課題在此背景下,基于大菱

2、鲆高通量雌雄轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),對大菱鲆進行了SNP標記的篩選,雌雄相關(guān)SNP標記的初步探究,以及具有耐溫性狀相關(guān)SNP標記位點的ATP合成酶α亞基的cDNA全長克隆。為今后利用這些大量的遺傳學數(shù)據(jù),進行優(yōu)良品種培育提供了豐富的理論與實踐依據(jù)。相關(guān)具體內(nèi)容如下:
　　1.開展大菱鲆SNP標記的篩選工作,選擇其中45個SNP位點,設計引物63組,其中21(46.7％)個位點應用小片段高分辨率熔解曲線(HRM)技術(shù)分型成功。對其進行多態(tài)性檢測

3、,21個位點均具有二個單倍型。觀測雜合度Ho的分布范圍為0.256到1.000,期望雜合度He的范圍從為0.276到0.518,19個位點符合Hardy-Weinberg平衡。14個SNP位點位于基因編碼區(qū),其中3個屬于非同義突變。含有這些SNP位點的基因大多與信號轉(zhuǎn)導和轉(zhuǎn)錄翻譯相關(guān)。
　　2.本研究選擇上一章開發(fā)的SNP標記中的5個,進行大菱鲆雌雄性狀遺傳差異分析,計算 SNP位點的有效等位基因數(shù)、觀測雜合度(Ho)、期望雜合度

4、(He)和多態(tài)信息含量及最小等位基因頻率等結(jié)果,比較兩個群體的遺傳分化程度,遺傳相似度和遺傳距離,獲得了與雌雄性狀相關(guān)的2個SNP標記。S10的相關(guān)系數(shù)是-0.288(p<0.05),S11的相關(guān)系數(shù)是0.304(p<0.05)。
　　3.本實驗采用RT-PCR和RACE技術(shù),根據(jù)轉(zhuǎn)錄組測序得到的序列,設計引物,進行RACE擴增,從大菱鲆脾臟組織中獲取了ATPase-α基因的cDNA,2034bp,并對該序列進行生物信息學的分析,