魯西牛微衛(wèi)星標(biāo)記和MHC多態(tài)性及其與生長(zhǎng)發(fā)育性狀的關(guān)系.pdf

1、本研究采用基因組掃描法、候選基因法和生物信息學(xué)方法，對(duì)魯西牛群體遺傳結(jié)構(gòu)、遺傳多樣性及其與體重、體尺等生長(zhǎng)發(fā)育性狀相關(guān)的基因進(jìn)行了檢測(cè)和分析，旨在獲得相應(yīng)的分子遺傳學(xué)信息，找到經(jīng)濟(jì)性狀的分子標(biāo)記，為中國(guó)黃牛遺傳資源的保護(hù)利用、分子標(biāo)記輔助育種的開(kāi)展和肉牛以及奶牛生產(chǎn)性能的提高提供科學(xué)依據(jù)。
　　 采用微衛(wèi)星標(biāo)記、PCR-SSCP、克隆測(cè)序法和最小二乘線性模型分析方法，以120頭魯西牛為研究對(duì)象，從分布于牛的60條染色體的30對(duì)微

2、衛(wèi)星引物中，篩選出多樣性豐富的8對(duì)微衛(wèi)星位點(diǎn)，探討了與魯西牛生長(zhǎng)發(fā)育性狀相關(guān)聯(lián)的分子遺傳標(biāo)記；分析了與魯西牛生長(zhǎng)發(fā)育性狀相關(guān)顯著的分子標(biāo)記的遺傳效應(yīng)。研究了主要組織相容性復(fù)合體（Major Histocompatibility Complex，MHC)Ⅱ類(lèi)a 亞區(qū)DRB3基因的第二外顯子（BoLA-DRB3*exon2)在魯西牛群體中的遺傳多樣性，檢測(cè)了90 頭魯西牛BoLA-DRB3*exon2基因的遺傳變異。結(jié)果發(fā)現(xiàn),7個(gè)微衛(wèi)星座位

3、和BoLA-DRB3*exon2的不同基因型之間的差異達(dá)到顯著（P<0.05）或極顯著水平（P<0.01）；發(fā)現(xiàn)了一些對(duì)生長(zhǎng)發(fā)育有利和不利的基因型，主要研究結(jié)果總結(jié)如下：
　　 （1）關(guān)于魯西牛群體的遺傳多態(tài)性：共檢測(cè)到34個(gè)等位基因，每個(gè)微衛(wèi)星座位的等位基因數(shù)為3-6個(gè)，平均等位基因數(shù)為4.25，該群體的基因平均雜合度（H）為0.5613，多態(tài)信息含量（PIC）為0.4983。表明：該群體呈中度遺傳多樣性，遺傳多樣性較為豐富，

4、尚有較好的選擇潛力，但有降低的趨勢(shì)。
　　 （2）發(fā)現(xiàn)了顯著影響?hù)斘髋ｓw尺性狀的有利基因型：ETH185座位的AE與體高，BM711座位的CC和BM1824座位的BB與體長(zhǎng)，TGLA53座位的AD和BM711座位的CC與管?chē)?，BM1824座位的BB和DVGA55座位的AB與腹圍都有顯著的有利作用。也發(fā)現(xiàn)了一些顯著影響體尺性狀的不利基因型：ETH185位點(diǎn)AA與體高，ETH185位點(diǎn)的BC和BM711位點(diǎn)的EE型與管?chē)?，BM182

5、4位點(diǎn)的AB型與體長(zhǎng)和腹圍，DVGA55位點(diǎn)的AA型與腹圍都有顯著的負(fù)效應(yīng)。
　　 （3）發(fā)現(xiàn)了顯著影響?hù)斘髋ｓw重性狀的有利基因型：TGLA53座位的AC、ETH185座位的BD、BM711座位的AB、DVGA46座位的AC、DVGA44座位的BB和DVGA55座位的BB都對(duì)體重有顯著的有利效應(yīng)。也發(fā)現(xiàn)了體重方面的一些不利基因型：TGLA53位點(diǎn)的BB型，ETH185位點(diǎn)的BC型，DVGA46位點(diǎn)的AD型，DVGA55位點(diǎn)的AA

6、型和AC型，DVGA44位點(diǎn)的AD型，都對(duì)體重性狀有明顯的負(fù)效應(yīng)。（4）魯西牛BoLA-DRB3*exon2基因遺傳變異檢測(cè)結(jié)果：統(tǒng)計(jì)的等位基因數(shù)、有效等位基因數(shù)和等位基因頻率分別是2、1.4060、0.8250和0.1750。觀測(cè)雜合度、期望雜合度和平均雜合度分別為0.0500、0.2962和0.2888。發(fā)現(xiàn)了BoLA-DRB3*exon2基因的三種基因型，它們與生長(zhǎng)發(fā)育性狀的關(guān)聯(lián)性分析結(jié)果表明：除了體高和管?chē)?個(gè)性狀外，在其它的4

7、個(gè)性狀上均發(fā)現(xiàn)了顯著影響?hù)斘鼽S牛生長(zhǎng)發(fā)育性狀的位點(diǎn)和等位基因。在體長(zhǎng)性狀上，AA型個(gè)體極顯著的高于AB型（P<0.01），在胸圍、腹圍和體重3個(gè)性狀上，AA型個(gè)體極顯著的高于AB型和BB型（P<0.01），說(shuō)明AA型對(duì)牛的生長(zhǎng)發(fā)育有利。對(duì)魯西牛生長(zhǎng)速度有顯著影響的有利基因型為AA型，其次為BB型。
　　 魯西牛BoLA-DRB3*exon 2目的基因的原序列長(zhǎng)168bp，在這168bp長(zhǎng)度中通過(guò)測(cè)序發(fā)現(xiàn)共有14個(gè)突變位點(diǎn)，占序列

8、總長(zhǎng)度的8.33％，其中，共同突變位點(diǎn)為11個(gè)。
　　 BoLA-DRB3*exon 2基因的3種基因型分別是AA、AB和BB，AA型是在第55堿基處的胸腺嘧啶（T）突變?yōu)橄汆堰剩ˋ），為堿基顛換；AB型是在第56位堿基處的胞嘧啶（C）突變?yōu)轼B(niǎo)嘌呤（G），也是顛換；BB型是在第153堿基處的鳥(niǎo)嘌呤（G）突變?yōu)橄汆堰剩ˋ），為堿基轉(zhuǎn)換。
　　 研究結(jié)果為魯西牛的標(biāo)記輔助選擇和早期基因型選種提供了可借鑒的分子標(biāo)記，也為魯西牛