鵝GH、PRL基因序列及其多態(tài)性與早期生長發(fā)育及屠宰性狀的關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、本試驗(yàn)對我國大、中、小三個地方鵝種獅頭鵝、皖西白鵝和籽鵝的早期生長發(fā)育規(guī)律進(jìn)行分析，同時以籽鵝、皖西白鵝、獅頭鵝、四季鵝和浙東白鵝為研究對象，對GH基因外顯子和內(nèi)含子、PRL基因編碼區(qū)全序列以及5’端序列進(jìn)行PCR-SSCP檢測和克隆測序，分別計算5個鵝品種(種群)突變位點(diǎn)的基因型頻率和基因頻率，比較不同鵝種間的基因型分布規(guī)律，并對GH基因和PRL基因多態(tài)性與鵝早期增重和屠宰性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。試驗(yàn)結(jié)果如下： 1.利用Logis

2、tic，Gompertz，Bertalanfy和Cubic 4種非線性動物生長模型擬合大、中和小型三個地方鵝種：獅頭鵝、皖西白鵝和籽鵝1-11周齡的平均體重，進(jìn)行早期生長發(fā)育規(guī)律及遺傳參數(shù)分析。結(jié)果表明：4個方程均能很好地擬合三個鵝種的生長過程，擬合度都在0.99以上，但Gompertz模型更符合實(shí)際品種特性，為首選模型，由此模型估計獅頭鵝、皖西白鵝和籽鵝生長的拐點(diǎn)時間分別為5.98周齡、5.11周齡和6.16周齡，相應(yīng)的拐點(diǎn)體重分別為

3、2115.77g、1499.08g和1049.62g。 2.對鵝GH基因外顯子和內(nèi)含子進(jìn)行克隆測序，得到鵝GH基因編碼區(qū)全序列，長度為651bp。與雞GH基因cds的同源性為91.4％，與鴨的同源性高達(dá)98.5％，演繹成氨基酸后兩者同源性分別為97.6％和99.9％；與人、鼠GH基因cds序列同源性分別為63.81％和74.31％，演繹成氨基酸后同源性分別為52.51％和72.81％。并獲得了鵝GH基因4個內(nèi)含子的序列，序列長

4、度分別為1504bp、664bp、362bp和1144bp。 3.在鵝GH基因編碼區(qū)上共檢測到4個SNP位點(diǎn)，分別為外顯子2的C39T、C74T突變和外顯子4的T291C、G297C，僅外顯子2的C74T突變導(dǎo)致導(dǎo)致編碼的氨基酸由丙氨酸變?yōu)槔i氨酸，其余位點(diǎn)均為“沉默”突變。外顯子2多態(tài)性分析結(jié)果顯示，籽鵝和皖西白鵝具有10種基因型，獅頭鵝和四季鵝具有7種基因型，浙東白鵝具有8種基因型，在籽鵝、皖西白鵝和四季鵝中等位基因A為優(yōu)勢

5、等位基因，獅頭鵝和浙東白鵝中等位基因D為優(yōu)勢等位基因；外顯子4多態(tài)性分析結(jié)果顯示，所有5個鵝品種(種群)均具有3種基因型，除籽鵝外，其它4個品種(種群)中等位基因A均為優(yōu)勢等位基因。外顯子多態(tài)位點(diǎn)上，所有鵝品種(種群)均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)。 4.4個內(nèi)含子的7對引物擴(kuò)增結(jié)果具有多態(tài)性，測序結(jié)果表明，內(nèi)含子1的P6引物的SNP位點(diǎn)分別為A1066G和C1157T；內(nèi)含子2的P10引物的SNP位點(diǎn)分別為C5

6、48T和T551C，P11引物的SNP位點(diǎn)分別為C548T和T551C；內(nèi)含子3的P13引物多態(tài)性是由該段序列中的5個核苷酸的點(diǎn)突變和缺失造成，分別為A160G和C167G和T264C突變以及176bp處和231bp處分別存在兩個堿基的重復(fù)和缺失。內(nèi)含子4的P15的SNP位點(diǎn)為T130C；P18引物的SNP位點(diǎn)分別是G821A和C949T；P19引物的SNP位點(diǎn)為T1137C。 在內(nèi)含子1中只有P6對引物存在多態(tài)性，多態(tài)性分析

7、結(jié)果顯示，籽鵝和皖西白鵝具有4種基因型，獅頭鵝、浙東白鵝和四季鵝具有3種基因型，在5個鵝品種(種群)中等位基因A均為優(yōu)勢等位基因；內(nèi)含子2的P10和P11對引物存在多態(tài)性且基因型完全對應(yīng)；所有5個鵝品種(種群)均具有3種基因型，除籽鵝外，等位基因A均為優(yōu)勢等位基因；內(nèi)含子3的P13對引物存在多態(tài)性，獅頭鵝、籽鵝和皖西白鵝具有3種基因型，浙東白鵝和四季鵝具有2種基因型，在5個鵝品種(種群)中等位基因B均為優(yōu)勢等位基因；內(nèi)含子4的P15、P

8、18和P19檢測到多態(tài)性；引物對P15除四季鵝外，其它4個品種具有3種基因型，在5個鵝品種(種群)中等位基因A均為優(yōu)勢等位基因；內(nèi)含子4引物對P18皖西白鵝、浙東白鵝和四季鵝具有5種基因型，獅頭鵝具有4種基因型，而籽鵝只具有3種基因型，在5個鵝品種(種群)中，獅頭鵝等位基因E均為優(yōu)勢等位基因，而籽鵝不具有E等位基因，浙東白鵝E等位基因的頻率也相對較高；引物對P19皖西白鵝、浙東白鵝、籽鵝和四季鵝具有3種基因型，而獅頭鵝只具有2種基因型，

9、在5個鵝品種(種群)中，籽鵝和四季鵝M為優(yōu)勢等位基因，而皖西白鵝、浙東白鵝和獅頭鵝N為優(yōu)勢等位基因。在內(nèi)含子4引物對P19的多態(tài)位點(diǎn)中，只有籽鵝和四季鵝處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P>0.05)；其它內(nèi)含子多態(tài)位點(diǎn)中，所有鵝品種(種群)均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P>0.05)。 5.對鵝GH基因所有檢測到的SNPs的多態(tài)性與早期體重和屠宰性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果表明鵝GH基因外顯子2、內(nèi)含子3和內(nèi)

10、含子4的多態(tài)位點(diǎn)上對早期增重和屠宰性狀存在顯著的基因型效應(yīng)，對于鵝早期增重和屠宰性狀，外顯子2的多態(tài)位點(diǎn)CD和DD基因型是有利基因型，在獅頭鵝和浙東白鵝中的優(yōu)勢等位基因D可能是有利基因。內(nèi)含子3的多態(tài)位點(diǎn)上最有利基因型是BB基因型。內(nèi)含子4上NN基因型對鵝生長具有一定的促進(jìn)作用，N基因可能是鵝早期增重和屠宰性狀的有利基因。 6.利用多對引物擴(kuò)增的方式，本試驗(yàn)克隆測序了鵝PRI，基因編碼區(qū)以及5’端調(diào)控區(qū)的全序列，cds序列全長

11、為690bp，5’端序列全長為836bp。將所獲得序列與雞和鴨的PRL基因cds序列比較，發(fā)現(xiàn)與雞PRL基因cds序列的同源性為92.8％，與鴨的同源性高達(dá)98.7％，演繹成氨基酸后兩者同源性分別為93.3％和98.3％。 7.在鵝PRI，基因的5’端調(diào)控區(qū)檢測到C135G、C201T、C278Abp和T827G突變，在內(nèi)含子2的32bp和33bp處檢測到2個核苷酸GA的缺失/插入，但是在編碼區(qū)沒有發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)。多態(tài)性分析結(jié)果

12、5’端調(diào)控區(qū)引物對P3中，籽鵝、皖西白鵝和獅頭鵝具有3種基因型，四季鵝和浙東白鵝只具有2種基因型，在5個鵝品種(種群)中等位基因A均為優(yōu)勢等位基因：內(nèi)含子2多態(tài)位點(diǎn)所有5個鵝品種(種群)除浙東白鵝外均具有3種基因型，在5個鵝品種(種群)中等位基因B均為優(yōu)勢等位基因；所有多態(tài)位點(diǎn)中，所有鵝品種(種群)均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P>0.05)。 8.對于鵝早期增重和屠宰性狀，PRL基因僅僅在5’端調(diào)控區(qū)的多態(tài)位點(diǎn)