面向代謝網(wǎng)絡(luò)分析的二代測序數(shù)據(jù)分析工具整合與應(yīng)用研究.pdf

1、脫氧核苷酸 DNA(Deoxyribonucleic acid)分子的雙螺旋結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)標(biāo)志著生物學(xué)從傳統(tǒng)生物學(xué)到分子生物學(xué)的跨越。從二十世紀(jì)七十年代Sanger測序技術(shù)的誕生開始，研究人員開始逐步研究生物系統(tǒng)中基因序列-蛋白質(zhì)-生化反應(yīng)的生物信息流的走向，并從中挖掘出基因序列中蘊含的分子結(jié)構(gòu)的特性、生物網(wǎng)絡(luò)狀態(tài)等信息。
　　本文在前人工作的基礎(chǔ)上，從轉(zhuǎn)錄組的序列的信息出發(fā)，找到序列中包含的酶的信息,并基本形成了從二代測序數(shù)據(jù)到代謝

2、網(wǎng)絡(luò)酶的信息注釋工具，并基本完成了從基因序列到代謝網(wǎng)絡(luò)的分析過程，其中包括整合的二代測序數(shù)據(jù)分析工具、酶序列信息數(shù)據(jù)庫以及代謝網(wǎng)絡(luò)比對等。本文將常用的二代測序數(shù)據(jù)分析工具整合在Java桌面應(yīng)用程序下，方便生物學(xué)家對序列數(shù)據(jù)進行處理；同時利用計算機的爬蟲技術(shù)收集和整理美國生物技術(shù)信息中心NCBI（US National Center for Biotechnology Information）的DNA序列數(shù)據(jù)庫、日本京都基因與基因組數(shù)據(jù)庫

3、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)中酶的信息，構(gòu)建了本地化的酶序列數(shù)據(jù)庫；通過上述酶的序列信息快速的構(gòu)建了代謝網(wǎng)絡(luò)模型，并完成代謝網(wǎng)絡(luò)比對算法的設(shè)計。最后，本文對比研究了基于酶的序列和酶的編碼值對代謝網(wǎng)絡(luò)的比對結(jié)果的影響，發(fā)現(xiàn)酶序列信息得到的結(jié)果更能夠反映物種之間的進化關(guān)系。本研究拓展了二代測序數(shù)據(jù)的應(yīng)用，方便了生物學(xué)者對代謝網(wǎng)絡(luò)中酶的研究，提供了從多角度對代謝網(wǎng)絡(luò)比對的分析，對于