昆蟲基因數(shù)據(jù)庫平臺的構(gòu)建及其關(guān)鍵技術(shù)的研究.pdf

1、隨著分子生物學(xué)領(lǐng)域研究的不斷深入，多種生物基因組測序工作已經(jīng)或者即將完成，隨之產(chǎn)生了大量的生物數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)的出現(xiàn)導(dǎo)致了生物信息數(shù)據(jù)庫數(shù)量的快速增長。目前昆蟲的基因序列數(shù)據(jù)有兩種數(shù)據(jù)庫來源，一是針對個別物種的專門數(shù)據(jù)庫，二是存儲諸多物種基因數(shù)據(jù)的大型綜合數(shù)據(jù)庫。針對專門物種的數(shù)據(jù)庫數(shù)量不多，而綜合數(shù)據(jù)庫中數(shù)據(jù)的物種和類型都比較多樣，對于只針對某類物種的研究來說不夠方便和細化。因此，構(gòu)建一個專門物種的基因數(shù)據(jù)庫具有非常重要的意義。

2、　　 本論文首先介紹了生物信息數(shù)據(jù)庫的概念和分類，總結(jié)了國內(nèi)外生物信息數(shù)據(jù)庫的發(fā)展現(xiàn)狀。接著針對昆蟲基因數(shù)據(jù)庫平臺實現(xiàn)過程中的一些關(guān)鍵技術(shù)進行了深入的研究和重點的介紹。結(jié)合不同來源的昆蟲基因數(shù)據(jù)存在的結(jié)構(gòu)差異，分別對各種結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)進行了詳細的概念設(shè)計和存儲設(shè)計，并在此基礎(chǔ)上以MySQL作為后臺數(shù)據(jù)庫構(gòu)建了一個昆蟲基因數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包括了實驗室測序得到的八種農(nóng)業(yè)害蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、昆蟲EST數(shù)據(jù)、豌豆蚜、岡比亞按蚊、蜜蜂、家蠶、黑腹果蠅、

3、赤擬谷盜等六種昆蟲的基因組數(shù)據(jù)。為了進一步完善用戶對昆蟲基因數(shù)據(jù)庫的使用需求，本文設(shè)計并實現(xiàn)了數(shù)據(jù)庫序列檢索與下載、文獻檢索、BLAST序列比對、GBrowse基因組圖形化展示等功能，提供基于關(guān)鍵字的序列檢索，數(shù)據(jù)的整體和分類下載以及檢索結(jié)果的即時下載，并支持相關(guān)文獻資料的檢索，同時整合了基于BLAST算法的序列比對的分析工具，提供序列比對的在線服務(wù)，并針對豌豆蚜等六個已測序的物種提供了基于GBrowse的基因組的圖形化展示服務(wù)。最終構(gòu)