昆蟲基因數(shù)據(jù)庫平臺(tái)的構(gòu)建及其關(guān)鍵技術(shù)的研究.pdf

1、隨著分子生物學(xué)領(lǐng)域研究的不斷深入，多種生物基因組測(cè)序工作已經(jīng)或者即將完成，隨之產(chǎn)生了大量的生物數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)的出現(xiàn)導(dǎo)致了生物信息數(shù)據(jù)庫數(shù)量的快速增長(zhǎng)。目前昆蟲的基因序列數(shù)據(jù)有兩種數(shù)據(jù)庫來源，一是針對(duì)個(gè)別物種的專門數(shù)據(jù)庫，二是存儲(chǔ)諸多物種基因數(shù)據(jù)的大型綜合數(shù)據(jù)庫。針對(duì)專門物種的數(shù)據(jù)庫數(shù)量不多，而綜合數(shù)據(jù)庫中數(shù)據(jù)的物種和類型都比較多樣，對(duì)于只針對(duì)某類物種的研究來說不夠方便和細(xì)化。因此，構(gòu)建一個(gè)專門物種的基因數(shù)據(jù)庫具有非常重要的意義。

2、　　 本論文首先介紹了生物信息數(shù)據(jù)庫的概念和分類，總結(jié)了國(guó)內(nèi)外生物信息數(shù)據(jù)庫的發(fā)展現(xiàn)狀。接著針對(duì)昆蟲基因數(shù)據(jù)庫平臺(tái)實(shí)現(xiàn)過程中的一些關(guān)鍵技術(shù)進(jìn)行了深入的研究和重點(diǎn)的介紹。結(jié)合不同來源的昆蟲基因數(shù)據(jù)存在的結(jié)構(gòu)差異，分別對(duì)各種結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)進(jìn)行了詳細(xì)的概念設(shè)計(jì)和存儲(chǔ)設(shè)計(jì)，并在此基礎(chǔ)上以MySQL作為后臺(tái)數(shù)據(jù)庫構(gòu)建了一個(gè)昆蟲基因數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包括了實(shí)驗(yàn)室測(cè)序得到的八種農(nóng)業(yè)害蟲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、昆蟲EST數(shù)據(jù)、豌豆蚜、岡比亞按蚊、蜜蜂、家蠶、黑腹果蠅、

3、赤擬谷盜等六種昆蟲的基因組數(shù)據(jù)。為了進(jìn)一步完善用戶對(duì)昆蟲基因數(shù)據(jù)庫的使用需求，本文設(shè)計(jì)并實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)庫序列檢索與下載、文獻(xiàn)檢索、BLAST序列比對(duì)、GBrowse基因組圖形化展示等功能，提供基于關(guān)鍵字的序列檢索，數(shù)據(jù)的整體和分類下載以及檢索結(jié)果的即時(shí)下載，并支持相關(guān)文獻(xiàn)資料的檢索，同時(shí)整合了基于BLAST算法的序列比對(duì)的分析工具，提供序列比對(duì)的在線服務(wù)，并針對(duì)豌豆蚜等六個(gè)已測(cè)序的物種提供了基于GBrowse的基因組的圖形化展示服務(wù)。最終構(gòu)