茶基因數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建研究.pdf

1、茶含有多種對人體有益的化學(xué)成分，能夠防癌、降血脂、抗衰老等，茶已經(jīng)是世界三大飲料（咖啡、茶、可可）之一，具有很大的經(jīng)濟(jì)價值，對茶葉的深入研究很有必要。目前對茶樹基因組的測序已經(jīng)有多個單位在進(jìn)行，并且積累了大量的數(shù)據(jù)。從物種基因數(shù)據(jù)發(fā)展的歷史經(jīng)驗(yàn)看，隨著物種基因組測序計(jì)劃的展開，相應(yīng)的基因數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)站就會建立起來，但檢索和研究發(fā)現(xiàn)，世界上依然沒有專門的茶樹基因數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)站，提供序列管理、分析服務(wù)。因此，茶樹基因數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建具有重要的現(xiàn)實(shí)意

2、義。本文對前期采樣測序所得數(shù)據(jù)及搜集的茶樹數(shù)據(jù)進(jìn)行分析注釋整理，使用LAMP架構(gòu)進(jìn)行茶樹基因數(shù)據(jù)庫的開發(fā)，提供了茶樹基因及其注釋數(shù)據(jù)的下載、貴州古茶樹SSR位點(diǎn)查詢、茶樹基因數(shù)據(jù)可視化等功能。
　　本研究主要內(nèi)容包括：⑴采集貴州古茶樹樣本，進(jìn)行RNA提取及測序等；⑵對獲得的貴州古茶樹樣本數(shù)據(jù)，進(jìn)行數(shù)據(jù)分析、整合、注釋等，對貴州古茶樹樣本進(jìn)行SSR位點(diǎn)信息的分析；⑶收集整理NCBI數(shù)據(jù)庫中的茶樹基因資源；⑷構(gòu)建茶基因數(shù)據(jù)庫。茶樹基因