腫瘤異質性研究的非負矩陣分解模型.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、癌癥是一類由于細胞分裂和凋亡機制失常而導致的疾病，經(jīng)常表現(xiàn)為惡性腫瘤。腫瘤異質性是惡性腫瘤的特征之一，由于無法全面解析它的亞克隆結構，加上治療后容易產(chǎn)生抗藥性和發(fā)生轉移，給治療提出極大的挑戰(zhàn)。DNA甲基化作為DNA分子的表觀遺傳修飾，被認為是腫瘤和其它人類疾病發(fā)生的原因。通過DNA甲基化估計腫瘤內部各個亞群的比例有助于了解腫瘤的發(fā)展過程，并能提出合理的個體化用藥和治療方案。
　　本研究介紹了腫瘤純度估計和差異甲基化分析的若干計算方

2、法。分別利用TCGA數(shù)據(jù)庫中不同類型的分子數(shù)據(jù)建立了基于非負矩陣分解和二次規(guī)劃的腫瘤異質性分解的如下幾個計算模型：基于DNA甲基化的腫瘤異質性分解模型；基于基因表達的腫瘤異質性分解模型；聯(lián)合DNA甲基化基因表達的腫瘤異質性分解模型。數(shù)據(jù)模擬發(fā)現(xiàn)，我們的方法可以成功地估計出腫瘤內部各個亞群的比例，并且基于多數(shù)據(jù)整合的模型相對于單個數(shù)據(jù)類型具有更高的準確度。作為一個特例，我們的方法對于腫瘤純度（設定腫瘤亞群落數(shù)量為2）的估計也與Infini

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