罕見變異與復(fù)雜疾病的關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、復(fù)雜疾病或常見疾病是由常見變異與罕見變異共同影響的。近年來，在常見疾病由常見變異所影響(CDCV)的假設(shè)下，全基因組關(guān)聯(lián)研究已檢測出數(shù)百個與疾病有關(guān)聯(lián)作用的常見變異。然而，常見變異只能解釋疾病的很小一部分的遺傳信息，并不能完全的解釋疾病。隨著第二代測序技術(shù)的發(fā)展，全基因組關(guān)聯(lián)研究將焦點從常見變異轉(zhuǎn)移到最小等位基因頻率小于1％的罕見變異上。在常見疾病由罕見變異所影響(CDRV)的假設(shè)下，由于罕見變異出現(xiàn)的頻率低，提出一個高效檢測罕見變異的

2、方法是全基因組關(guān)聯(lián)研究的重點。
　　在Score-Joint方法和collapsing方法的基礎(chǔ)上，本文依據(jù)罕見變異的危害效應(yīng)和保護效應(yīng)把罕見變異分為兩組，從而發(fā)展了一個能高效檢測罕見變異的方法。此外，本文探究了罕見變異之間的相關(guān)性和高估或低估疾病發(fā)病率對檢測功效的影響，并考慮了大量的模擬研究。在模擬研究中，采用兩種方法產(chǎn)生數(shù)據(jù)——由logistic模型產(chǎn)生數(shù)據(jù)和由SimRare軟件產(chǎn)生數(shù)據(jù)。設(shè)定不同的比值比，獲得不同的數(shù)據(jù)集。利