基于序列特征的人類可變剪接生物信息學(xué)分析.pdf

1、密碼子偏性及其聚類分析在可變剪接研究中具有重要意義。本研究計(jì)算了人類組成型外顯子和可變外顯子的RSCU值(密碼子使用的相對(duì)概率),并對(duì)兩種外顯子的RSCU值進(jìn)行了比較,結(jié)果發(fā)現(xiàn)除了UAG、UGA、UAA三個(gè)終止密碼子,兩種外顯子的每個(gè)密碼子偏性是相同的。同時(shí)挑選了組成型外顯子序列30條,可變外顯子序列30條,計(jì)算了這60條序列的RSCU值。然后進(jìn)行聚類分析,兩種外顯子不能被區(qū)別開(kāi),證明兩種外顯子的密碼子偏性是相同的。這個(gè)結(jié)果和我們直接比

2、較兩種外顯子的RSCU值的結(jié)果一致。接著我們又計(jì)算了這60條序列的HI(非均勻指數(shù)),并用 HI進(jìn)行了聚類分析。組成型外顯子和可變外顯子亦不能被區(qū)分開(kāi)?？梢缘贸鼋Y(jié)論利用 RSCU值和 HI值不能區(qū)分組成型外顯子和可變外顯子?？梢酝茢嘣谛蛄兄?基本沒(méi)有組成型剪接和可變剪接信息。
　　計(jì)算組成型外顯子和可變外顯子的信息冗余參數(shù)(D1和D2)顯示,組成型外顯子和可變外顯子的平均值和標(biāo)準(zhǔn)偏差基本沒(méi)有差別。類似地,五類可變外顯子的D1和 D

3、2的平均值和標(biāo)準(zhǔn)偏差基本沒(méi)有差別。其中內(nèi)含子保留的的D1和 D2平均值與其它幾類外顯子的D1和 D2的平均值差別較大,體現(xiàn)了內(nèi)含子保留既是內(nèi)含子又是外顯子的序列特殊性。
　　在各類外顯子上游截取150bp,下游截取150bp,計(jì)算多樣性增量 ID,同時(shí)把各類外顯子分別截取成兩種變體計(jì)算 ID,發(fā)現(xiàn)兩種計(jì)算方法的組成型外顯子和可變外顯子的ID平均值及標(biāo)準(zhǔn)偏差平均值基本沒(méi)有差別。除內(nèi)含子保留外剩余四類可變外顯子的ID平均值及標(biāo)準(zhǔn)偏差基