希金斯炭疽菌pitp生物信息學(xué)分析

1、希金斯炭疽菌 希金斯炭疽菌 PITP 生物信息學(xué)分析 生物信息學(xué)分析韓長(zhǎng)志（西南林業(yè)大學(xué)林學(xué)院／云南省森林災(zāi)害預(yù)警與控制重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，昆明６５０２２４）摘要：以釀酒酵母中已經(jīng)報(bào)道的５個(gè)典型ＰＩＴＰ序列為基礎(chǔ)，對(duì)炭疽菌屬蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行Ｂｌａｓｔｐ比對(duì)以及 關(guān)鍵詞 搜索，并通過ＳＭＡＲＴ保守結(jié)構(gòu)域分析，明確該菌含有４個(gè)典型的ＰＩＴＰ；同時(shí)，通過對(duì)上述氨基酸序列進(jìn)行疏水性、細(xì)胞信號(hào)肽、跨膜區(qū)結(jié)構(gòu)域、亞細(xì)胞定位以及二級(jí)結(jié)構(gòu)等生物信息學(xué)分析，并與

2、其他物種中１５個(gè)同源序列進(jìn)行遺傳關(guān)系比較分析，以期為深入開展希金斯炭疽菌（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｈｉｇｇｉｎｓａｎｕｍ Ｓａｃｃ． ）ＰＩＴＰ的功能研究打下理論基礎(chǔ)，同時(shí)，也為進(jìn)一步開展其他炭疽菌的研究提供重要的理論指導(dǎo)。關(guān)鍵詞 ：希金斯炭疽菌（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｈｉｇｇｉｎｓａｎｕｍ Ｓａｃｃ． ） ；磷脂酰肌醇轉(zhuǎn)移蛋白質(zhì)；生物信息學(xué)分析；遺傳關(guān)系；炭疽菌屬中圖分類號(hào)：Ｑ８１文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A 文章編號(hào)：0439－８

3、114（２０15）03－0７１３-0４希金斯炭疽菌（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｈｉｇｇｉｎｓａｎｕｍ Ｓａｃｃ． ）屬于炭疽菌屬真菌，其可以侵染如百脈根、擬南芥以及棉花等，而對(duì)于真菌ＰＩＴＰ的研究報(bào)道較為少見。本研究以釀酒酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ Ｓ２８８ｃ）中已經(jīng)報(bào)道的５個(gè)典型ＰＩＴＰ氨基酸序列為基礎(chǔ)，通過在炭疽菌屬蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行Ｂｌａｓｔｐ比對(duì)分析以及 關(guān)鍵詞 搜索，獲得與釀酒酵母ＰＩＴＰ同源

4、的Ｃ． ｈｉｇｇｉｎｓａｎｕｍ序列，并通過保守結(jié)構(gòu)域分析、疏水性分析、二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)等生物信息學(xué)分析，以期明確該菌中所存在的ＰＩＴＰ數(shù)量、疏水性特點(diǎn)、結(jié)構(gòu)特征以及細(xì)胞定位情況，同時(shí)，基于上述ＰＩＴＰ氨基酸序列，在美國(guó)國(guó)家生物信息中心（ＮＣＢＩ）在線進(jìn)行同源序列搜索，通過遺傳關(guān)系分析，以期為進(jìn)一步開展其他炭疽菌中ＰＩＴＰ的研究提供理論指導(dǎo)。１材料與方法１．１材料根據(jù)釀酒酵母中含有的５個(gè)ＰＩＴＰ（Ｓｅｃ１４、Ｐｄｒ１６、Ｐｄｒ１７、Ｓｆｈ５