基于噬菌體展示的構(gòu)象性B細(xì)胞表位預(yù)測(cè)研究.pdf

1、在免疫學(xué)中,B細(xì)胞表位研究一直占有重要地位。但是確定B細(xì)胞表位的傳統(tǒng)手段已經(jīng)不能滿足新時(shí)代的需求。在最近的幾十年,B細(xì)胞表位預(yù)測(cè)發(fā)展迅速。其中,基于噬菌體展示的構(gòu)象性B細(xì)胞表位預(yù)測(cè)是結(jié)合噬菌體展示實(shí)驗(yàn)的計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)過程。這類預(yù)測(cè)方法,需要具備以抗體為靶標(biāo)的噬菌體展示實(shí)驗(yàn)獲得的模擬肽數(shù)據(jù),以及相應(yīng)抗原的三維結(jié)構(gòu),其基本思想就是利用模擬肽氨基酸殘基與抗原表位氨基酸殘基在組成及物理化學(xué)性質(zhì)上的相似性,對(duì)抗原表位進(jìn)行預(yù)測(cè)。
　　本研究基于氨

2、基酸的物理化學(xué)性質(zhì),提出了一種新的基于噬菌體展示的構(gòu)象性B細(xì)胞表位預(yù)測(cè)算法,即MIMOX2。該算法將抗原表面劃分為若干個(gè)重疊的片區(qū)(patch),并評(píng)估模擬肽與片區(qū)的相似性從而對(duì)表位進(jìn)行預(yù)測(cè)。將此算法已實(shí)現(xiàn)為網(wǎng)絡(luò)服務(wù)程序,網(wǎng)址如下:http://immunet.cn/mimox/cgi-bin/MIMOX2.pl。
　　針對(duì)目前該類方法標(biāo)準(zhǔn)評(píng)價(jià)體系缺乏的情況,本研究依托蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB與當(dāng)今世界最全面的噬菌體展示數(shù)據(jù)庫(kù)M

3、imoDB,在原有基礎(chǔ)上更新了標(biāo)準(zhǔn)測(cè)試集,命名為WXY數(shù)據(jù)集。WXY有70套測(cè)試數(shù)據(jù),分為抗原-抗體復(fù)合物、配體-受體復(fù)合物、其它蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)復(fù)合物、小分子-蛋白質(zhì)復(fù)合物等四類。
　　基于WXY標(biāo)準(zhǔn)測(cè)試集,本研究以馬氏相關(guān)系數(shù)(MCC)、陽(yáng)性預(yù)測(cè)值(PPV)、敏感度(Sen)、特異性(Spe)指標(biāo)構(gòu)建算法評(píng)價(jià)體系,對(duì)PepSurf、Mapitope、Pepitope以及MIMOX2進(jìn)行了系統(tǒng)的測(cè)試,發(fā)現(xiàn)MIMOX2在一些測(cè)試?yán)?/p>