基于基因芯片的母豬妊娠相關(guān)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建.pdf

1、本研究采用時(shí)間進(jìn)程試驗(yàn)，應(yīng)用Affymetrix豬全基因組芯片，分別選取未妊娠，妊娠初期(妊娠25天)，妊娠中后期(妊娠85天)3個(gè)階段各3個(gè)全(或半)同胞大白豬個(gè)體子宮肌膜及卵巢組織(盡量采同質(zhì)細(xì)胞)進(jìn)行RNA抽取，純化，反轉(zhuǎn)錄，芯片雜交等得出基因表達(dá)譜；應(yīng)用Q-PCR對(duì)芯片表達(dá)譜數(shù)據(jù)可靠性進(jìn)行驗(yàn)證；結(jié)合對(duì)適用于本試驗(yàn)表達(dá)譜數(shù)據(jù)的基因網(wǎng)絡(luò)調(diào)控模型探索及母豬妊娠調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，對(duì)基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)及功能基因組方面分析得到如下結(jié)果：

2、 1.得到妊娠初期卵巢2倍以上差異表達(dá)的基因974個(gè)，其中上調(diào)和下調(diào)的基因分別為418個(gè)和556個(gè)；妊娠中后期卵巢2倍以上差異表達(dá)的基因1800個(gè)，上調(diào)和下調(diào)的基因分別為826個(gè)和974個(gè)；妊娠初期子宮肌膜中2倍以上差異表達(dá)的基因355個(gè)，其中上調(diào)和下調(diào)的基因分別為189個(gè)和146個(gè)；妊娠中后期子宮肌膜中2倍以上差異表達(dá)的基因720個(gè)，其中上調(diào)和下調(diào)的基因分別有236個(gè)和487個(gè)。 2.通過(guò)對(duì)不同組織及不同妊娠階段的差異表

3、達(dá)基因的二維聚類(lèi)發(fā)現(xiàn)，在卵巢和子宮肌膜中，所有差異基因可以分成7大類(lèi)。根據(jù)對(duì)同一類(lèi)中的已知基因功能的了解，從共表達(dá)基因角度挑選出33個(gè)差異基因供最終選擇妊娠相關(guān)新候選基因使用。 3.通過(guò)對(duì)基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)功能分析發(fā)現(xiàn)：(1)分子功能方面，妊娠中后期卵巢中MHCⅡ族受體基因及具有酶調(diào)節(jié)活性的基因無(wú)差異表達(dá)；妊娠初期卵巢中無(wú)MHCⅠ族受體基因差異表達(dá)。而與鐵結(jié)合相關(guān)的基因只在子宮肌膜中有表達(dá)有變化。妊娠中后期與妊娠前期相比，卵巢中脂結(jié)

4、合、胞漿運(yùn)動(dòng)、內(nèi)切酶、趨化因子的基因表達(dá)有明顯差異。(2)生物過(guò)程方面，妊娠中后期卵巢中與正常生理過(guò)程相關(guān)的基因幾乎沒(méi)有差異表達(dá)，相對(duì)于妊娠初期卵巢及所有妊娠階段的子宮肌膜來(lái)說(shuō)，與刺激，壓力及對(duì)其它組織的應(yīng)激相關(guān)的基因表達(dá)差異更多。妊娠初期的子宮肌膜中與細(xì)胞生長(zhǎng)，細(xì)胞大小調(diào)節(jié)及細(xì)胞周期相關(guān)的基因表達(dá)有變化。(3)細(xì)胞組成方面，妊娠初期中表達(dá)有變化的基因主要都與細(xì)胞膜相關(guān)。而妊娠中后期卵巢及所有妊娠階段子宮肌膜中與質(zhì)膜，免疫突觸，蛋白復(fù)合

5、體，MHC蛋白復(fù)合體形成相關(guān)的基因都有表達(dá)變化。其中，妊娠中后期子宮肌膜中與胞膜組成及形成相關(guān)的基因的表達(dá)變化最大。 4.在對(duì)卵巢已知差異基因的分析過(guò)程中未發(fā)現(xiàn)有效生物通路；在對(duì)子宮肌膜已知差異基因分析過(guò)程中，妊娠初期發(fā)現(xiàn)26個(gè)基因參與的5個(gè)有效生物通路，妊娠后期發(fā)現(xiàn)18個(gè)基因參與的3個(gè)有效生物通路。通過(guò)對(duì)生物通路的交叉分析，對(duì)整個(gè)生物作用網(wǎng)絡(luò)有了系統(tǒng)認(rèn)識(shí)，通過(guò)對(duì)已知差異基因在通路中的位置，預(yù)測(cè)了其對(duì)妊娠可能有的作用。