利用mtDNA D-Loop序列多態(tài)性挖掘四川綿羊遺傳資源.pdf

1、為了確定在四川發(fā)現(xiàn)的兩個(gè)綿羊群體，即布拖類群、賈洛類群，是否為新的遺傳資源，本研究從四川省涼山州、阿壩州采集了布拖類群、涼山半細(xì)毛羊、涼山本地類群、賈洛類群、紅原本地類群、薩福克賈洛雜交類群6個(gè)群體的組織樣，利用綿羊線粒體DNA D-Loop區(qū)多態(tài)性，分析6個(gè)群體的起源和遺傳多樣性。同時(shí)合并分析從GenBank上下載的68條家綿羊線粒體DNA D-Loop區(qū)序列，構(gòu)建了全部序列的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，最后對(duì)6個(gè)綿羊群體進(jìn)行了單倍型的網(wǎng)絡(luò)分析及群體

2、擴(kuò)張分析，核苷酸不配對(duì)分布分析和中性檢驗(yàn)。研究結(jié)果如下:
　　1.測(cè)定的6個(gè)綿羊群體286只個(gè)體的mtDNA D-loop區(qū)序列長(zhǎng)度劃分為8種類型，即1106bp、1179bp、1180bp、1181bp、1182bp、1183bp、1184bp、1256 bp,1181bp所占比例(79.6％)最大。其中，在布拖類群中，未發(fā)現(xiàn)1106bp長(zhǎng)度，且布拖類群mtDNA D-loop區(qū)長(zhǎng)度類型比較少，只有3種長(zhǎng)度，即1180bp、11

3、81bp、1182bp，說(shuō)明布拖類群D-Loop長(zhǎng)度變異少;在賈洛類群中發(fā)現(xiàn)了3個(gè)1256bp長(zhǎng)度的D-Loop，在其他5個(gè)類群中，只有薩?？速Z洛雜家類群發(fā)現(xiàn)1個(gè)1256bp長(zhǎng)度的D-Loop，說(shuō)明1256bp可能為賈洛類群所獨(dú)有。本試驗(yàn)所獲得的286條綿羊mtDNA D-loop序列，共發(fā)現(xiàn)210個(gè)變異位點(diǎn)，其中單一多態(tài)位點(diǎn)有43個(gè)，簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)有167個(gè)。從堿基組成上來(lái)看，A+T含量(62.693％)明顯高于G+C含量(37.324

4、％)，除了缺失和插入位點(diǎn)外，發(fā)生轉(zhuǎn)換192次，顛換18次，其中7個(gè)位點(diǎn)同時(shí)發(fā)生轉(zhuǎn)換和顛換，變異主要以轉(zhuǎn)換為主，說(shuō)明綿羊mtDNA D-loop區(qū)序列具有轉(zhuǎn)換偏倚性。在6個(gè)綿羊群體中，布拖類群G+C含量最低，為37.108％，賈洛類群A+T含量最高，為62.902％，序列堿基組成沒(méi)有明顯的差異，其中均以A、T含量占優(yōu)勢(shì)，說(shuō)明了綿羊mtDNA D-loop為A、T富集區(qū)。
　　2.6個(gè)群體共發(fā)現(xiàn)了133種單倍型，其中有51個(gè)單倍型是群

5、體間與群體內(nèi)共享單倍型，其余82個(gè)均為群體特有單倍型。在布拖類群內(nèi)，只有11種單倍型，為單倍型最少的群體，286條序列的核苷酸多樣度平均為0.01724，單倍型多樣度平均為0.9843，6個(gè)群體的核苷酸多樣度變異范圍為0.01099-0.02114，單倍型多樣性變異范圍為0.780～0.995，單倍型多樣性最低和最高的群體分別是布拖類群和賈洛類群。研究結(jié)果說(shuō)明，布拖類群綿羊的遺傳多樣性較為貧乏，需要對(duì)其種質(zhì)資源進(jìn)行合理的保護(hù);賈洛類群遺

6、傳多樣性豐富，從遺傳多樣性角度揭示了培育賈洛綿羊具有很好的前景。
　　3.6個(gè)綿羊群體間的遺傳距離為0.014～0.023。薩?？速Z洛雜交類群與涼山半細(xì)毛羊以及薩福克賈洛雜交類群與賈洛類群之間的遺傳距離較小，為0.014;紅原本地類群與布拖類群的遺傳距離最遠(yuǎn)，為0.023。6個(gè)綿羊群體聚類關(guān)系圖表明，布拖類群與其他5個(gè)群體的遺傳距離都比較遠(yuǎn)，單獨(dú)聚為一類，可以判斷布拖類群為本地一個(gè)獨(dú)立的群體;而賈洛類群與同處于阿壩州的紅原本地類群

7、的遺傳距離為0.018，這兩個(gè)群體的遺傳分化程度也比較明顯，故也可以看作一個(gè)相對(duì)獨(dú)立的群體?？傊?，布拖類群和賈洛類群與其他類群之間沒(méi)有明顯的遺傳地理結(jié)構(gòu)。
　　4.利用MEGA6.0軟件對(duì)286條序列構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，結(jié)果顯示這些序列分為三個(gè)分支，同時(shí)，利用從GenBank上下載的6條野綿羊序列和62條家綿羊序列作為對(duì)照進(jìn)行分析，結(jié)果表明，摩佛倫羊聚在B支系中，布拖類群出現(xiàn)在A、B2個(gè)分支中，賈洛類群在3個(gè)分支中都有分布，從而可以