基于基因次序的基因組間距離的計(jì)算.pdf

1、20世紀(jì)90年代以來(lái)，生命科學(xué)研究取得了突破性的進(jìn)展，隨著人類(lèi)基因組計(jì)劃的開(kāi)展與現(xiàn)代生物技術(shù)的發(fā)展，人類(lèi)積累的大量的生物信息數(shù)據(jù)為揭開(kāi)生命奧秘提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。因此生物信息學(xué)的研究對(duì)象不僅有大量的序列和基因，而且有越來(lái)越多的完整基因組。試圖通過(guò)比較基因組中基因的排列順序來(lái)研究物種間的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系已經(jīng)成為生物信息學(xué)的一個(gè)重要研究方向。研究這種進(jìn)化關(guān)系最終就是要建立一棵系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。而建立系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的關(guān)鍵就是先提出一種有效的算法計(jì)算兩兩基因組之

2、間的距離。人們已經(jīng)探索出了一些近似算法，但是，隨著數(shù)據(jù)規(guī)模的不斷擴(kuò)大，基因組構(gòu)造出的斷點(diǎn)圖越來(lái)越復(fù)雜，這些算法對(duì)基因組間距離的計(jì)算的誤差就越大。所以，積極探索更加有效的基因組間距離的算法，已成為基于基因組重組去構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)這個(gè)研究領(lǐng)域中的重大課題，并受到越來(lái)越廣泛的關(guān)注。 本文給出計(jì)算兩個(gè)具有相同內(nèi)容不同次序的基因組之間距離的算法。給定一組內(nèi)容相同次序不同的基因組，構(gòu)造一個(gè)完全圖，在完全圖中查找一個(gè)基因組使得它與給定的各個(gè)基因