中國(guó)部分山羊品種多樣性及系統(tǒng)進(jìn)化分析.pdf

1、中國(guó)有豐富的山羊遺傳資源，但對(duì)其起源進(jìn)化及遺傳多樣性的研究還不夠系統(tǒng)和深入，本研究利用線粒體DNA分析了分布于中國(guó)9個(gè)省和自治區(qū)的12個(gè)本地山羊品種和1個(gè)國(guó)外品種安哥拉山羊共13個(gè)山羊品種的起源及遺傳多樣性，我們測(cè)定了13個(gè)山羊品種共計(jì)155條序列的線粒體高變區(qū)的622bp片段，通過(guò)聚類(lèi)及系統(tǒng)分析得到A、B、C和D4個(gè)支系，同時(shí)對(duì)群體遺傳結(jié)構(gòu)及群體擴(kuò)張進(jìn)行了分析。 根據(jù)線粒體高變區(qū)的測(cè)序和分析，在4個(gè)支系中分別選取一定量的個(gè)體來(lái)

2、進(jìn)行線粒體全序列測(cè)定，其中A支系3個(gè)個(gè)體、B支系4個(gè)個(gè)體、C和D支系各1個(gè)個(gè)體，設(shè)計(jì)15對(duì)引物進(jìn)行線粒體全序列測(cè)定，分析山羊mtDNA序列基因特征和KNA二級(jí)結(jié)構(gòu)，并對(duì)堿基變異對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的影響進(jìn)行了預(yù)測(cè)。與其他已報(bào)道物種的線粒體DNA基因組進(jìn)行比較研究，探討山羊線粒體DNA序列進(jìn)化特點(diǎn)。 通過(guò)山羊線粒體高變區(qū)及全序列的分析，得出以下結(jié)論： 1.利用線粒體高變區(qū)序列分析了中國(guó)本地12個(gè)山羊品種的群體結(jié)構(gòu)，F(xiàn)ST=0

3、.21，經(jīng)檢驗(yàn)差異不顯著，品種內(nèi)方差明顯大于品種間方差，表明這些山羊品種間還沒(méi)有出現(xiàn)顯著的遺傳分化，品種間表現(xiàn)弱的遺傳結(jié)構(gòu)。 2.通過(guò)對(duì)本研究得到并結(jié)合以前發(fā)表的B支系序列構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖，形成以2個(gè)優(yōu)勢(shì)祖先為中心的發(fā)射狀星圖，表明B支系經(jīng)過(guò)2次獨(dú)立的群體擴(kuò)張。 3.本研究中共得到山羊B支系序列36條，主要分布在中國(guó)的西南及周邊地區(qū)，這些分析聯(lián)合以前發(fā)表的關(guān)于中國(guó)山羊B支系的起源研究方面的論文，我們推測(cè)中國(guó)的西南地區(qū)可能是

4、B支系的馴化地之一。 4.通過(guò)對(duì)來(lái)自不同國(guó)家屬于不同支系的1182條序列比對(duì)分析，發(fā)現(xiàn)了能區(qū)分4個(gè)支系的變異位點(diǎn)，每個(gè)支系有自己特有的堿基變異位點(diǎn)，其中A支系的特有變異位點(diǎn)5個(gè)，B支系的特有變異位點(diǎn)6個(gè)，C支系的特有變異位點(diǎn)18個(gè)，D支系的特有變異位點(diǎn)7個(gè)。所有的變異都是轉(zhuǎn)換。 5.山羊線粒體A、B、C和D支系DNA編碼區(qū)共有124個(gè)堿基變異位點(diǎn)，其中巔換有3處。轉(zhuǎn)換與顛換的比值為40:1，在得到的124處堿基變異中，有

5、121個(gè)變異發(fā)生在編碼蛋白質(zhì)的基因序列，在這121個(gè)序列當(dāng)中有18個(gè)變異屬于非同義突變，通過(guò)對(duì)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)及功能的預(yù)測(cè)，說(shuō)明非同義變異只引起氨基酸的改變并不會(huì)影響蛋白質(zhì)的功能。 6.在山羊全線粒體基因組序列中，發(fā)現(xiàn)了所有脊椎動(dòng)物都有的4段超級(jí)保守序列，推測(cè)這4段子序列在脊椎動(dòng)物進(jìn)化及生命活動(dòng)中有非常重要的功能，線粒體可能不是低等生物基因組的一個(gè)簡(jiǎn)單拷貝。 7.tRNA和rRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)堿基變異有的發(fā)生在環(huán)區(qū)，有的發(fā)生在