REGγ與致癌信號通路的相關關系研究.pdf

1、近來，有研究表明REGγ作為一種蛋白酶激活因子在癌癥發(fā)生發(fā)展過程中起到重要作用。而迄今為止，已知的REGγ靶蛋白寥寥無幾，與REGγ功能相關的信號通路亦不清晰。而公開的人體癌癥組織DNA芯片數據(微陣列數據，microarray data)的數量與日俱增，質量也在不斷提高。日趨成熟的數據挖掘技術使得利用這些高通量的數據進行相關生物信息分析并為生物實驗研究提供支持成為可能。全局范圍上的REGγ基因芯片研究的空白使得利用生物信息技術對REG

2、γ的功能進行進一步的探索具有研究以及實用意義和價值。為了進一步了解REGγ在不同癌癥類型中的表達情況，首先，我們采用免疫組織化學(Immunohistochemistry，IHC)的實驗方法在四種不同的癌癥組織中對REGγ的蛋白質表達水平進行測定。然后，我們采用關鍵詞搜索的方法搜集了美國國立生物信息中心基因表達數據庫(National Center of Biotechnology，Gene ExpressionOmnibus)中的來自

3、4種癌癥(包括肝癌，直腸癌，肺癌以及甲狀腺癌)的共23個數據集的1，070個人類癌癥組織樣本基因表達數據并進行分析，試圖尋找REGγ在不同癌癥類型中的基因差異表達模式。我們進一步采用皮爾森相關系數(Pearson Correlation)來估計在這些數據集中與REGγ表達相關的基因集。我們在相關分析的基礎上，對這些基因進行了信號通路分析(pathway analysis)、生物功能注釋(functionalannotation)。為了對

4、預測結果進行評估和驗證，文中采用qRT-PCR技術在腫瘤細胞系以及人類大腸癌組織中對這些與REGγ表達高度相關的基因進行表達水平的驗證。最后，再次在人類大腸癌組織中利用免疫組化證明了部分REGγ高度相關基因的蛋白質表達水平與預測結果的一致性。研究結果表明：在本文所研究的四種癌癥(肺癌、結腸癌、甲狀腺癌、肝癌)中，REGγ在50％以上的癌癥組織中存在蛋白質水平的差異表達(免疫組織化學實驗)。對所有基因芯片數據集的分析表明，在所有的癌癥類型

5、中REGγ在基因水平的表達也存在類似的差異情況，即REGγ在基因水平存在差異表達。同時，相關性分析以及信號通路分析表明，REGγ與p53信號通路中的許多基因，以及其他多種癌癥相關信號通路中的基因存在顯著的相關關系。RT-PCR實驗進一步驗證了以上預測。對REGγ相關基因的網絡分析再次強調了REGγ與Myc的高度相關關系，對人體結腸癌組織進行的免疫組化實驗所得結果再次驗證了這一相關關系。我們的研究證明了REGγ在多種癌癥類型的差異表達。這