金黃地鼠口腔頰粘膜癌前病變向鱗癌轉(zhuǎn)變相關(guān)致病基因和通路的篩選及分析.pdf

1、目的：利用全基因表達芯片和相關(guān)生物信息學(xué)分析方法篩選金黃地鼠口腔頰粘膜癌前病變向鱗癌轉(zhuǎn)變相關(guān)重要致病基因和通路。
　　 方法：用DMBA誘導(dǎo)建立金黃地鼠頰粘膜癌前病變和鱗癌模型，提取癌前病變及鱗癌組織的總RNA，合成單標(biāo)Cy3熒光標(biāo)記的cRNA，然后與含有41000個基因/ESTs序列的Agilent大鼠全基因表達譜芯片雜交，以Ratio≥2和Ratio<0.5為閾值來篩選差異表達基因；對差異表達基因行GO（Gene Ontol

2、ogy）功能分類和pathway通路分析；用RT-PCR對部分差異表達基因進行驗證。
　　 結(jié)果：金黃地鼠頰粘膜從癌前病變發(fā)展到鱗癌的過程中，共篩選到1981條差異表達基因，其中上調(diào)基因1037條，下調(diào)基因944條，已知基因1861條，未知基因120條，在已知基因中上調(diào)898條，下調(diào)963條；GO分析發(fā)現(xiàn)這些差異表達基因主要涉及代謝、細胞結(jié)構(gòu)等14類功能基因；pathway通路分析共得到9條有顯著性改變的通路，在1861條已知差

3、異表達基因中，有14條基因在以上9條通路上發(fā)生富集；對上調(diào)基因Sparc和下調(diào)基因Casp3行RT-PCR驗證結(jié)果與芯片結(jié)果相符。
　　 結(jié)論：金黃地鼠頰粘膜癌前病變發(fā)展到鱗癌主要由Casp3、Cc15、CXCL12、Cc124、Dhfr、Tyms、Vcam1、Vm、Fn1、.Apoe、A1b、Serping1、Sparc和Cyp2b13基因的異常表達導(dǎo)致Caspase-3激活通路、趨化因子受體粘附活性通路、E2F轉(zhuǎn)錄因子對DN