中國(guó)人一先天性巨結(jié)腸家系全外顯子測(cè)序分析.pdf

1、目的:采用新一代測(cè)序技術(shù)對(duì)一個(gè)漢族巨結(jié)腸家系中2例患者進(jìn)行全外顯子測(cè)序,測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行多步驟過濾分析,初步篩選先天性巨結(jié)腸的易感基因。
　　方法:收集一個(gè)先天性巨結(jié)腸家系中母子2個(gè)患者的靜脈血采用全外顯子捕獲和新一代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行高通量測(cè)序,測(cè)序結(jié)果與人類HAPMAP8,dbSNP130和1000 Genome Project數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)過濾已報(bào)道的常見變異,再過濾掉同義突變,將母子單核苷酸非同義突變進(jìn)行整合,并通過Sanger法測(cè)

2、序排除外顯子測(cè)序的假陽性結(jié)果,初步篩選出候選基因。
　　結(jié)果:測(cè)序結(jié)果通過原始質(zhì)量評(píng)分過濾,母子兩個(gè)患者共得到8.4G的數(shù)據(jù)。過濾掉不在外顯子區(qū)域的單核苷酸變化(SNVs),落在外顯子區(qū)域的單核苷酸變化數(shù)目母親為13948個(gè),兒子為13856個(gè);過濾掉公共數(shù)據(jù)庫(HAPMAP8, dbSNP130和1000 Genome Project)的常見變異,落在外顯子區(qū)域的未報(bào)道的單核苷酸變化數(shù)目母親為3472個(gè),兒子為3345個(gè);過濾掉

3、同義突變,非同義突變的單核苷酸變化數(shù)目母親為470個(gè),兒子為458個(gè);整合母子兩個(gè)共有的非同義突變數(shù)目篩選出17個(gè)基因。Sanger法排除外顯子測(cè)序C22orf42(G>A)假陽性結(jié)果,最后得到16個(gè)候選基因。
　　結(jié)論:NRG3;LAMA3;BRIP1;JARID2; KRT6A;LEPREL1;OR8J3;PLA2G4C;PRBP4;RNF10;SPRY1;TMPRSS11E;VARS2;NBPF16;GSTM4;PRSS11