綠頭野鴨與北京鴨雜交后代等位基因差異表達分析.pdf

1、從野鴨到北京鴨的馴化過程中其基因組發(fā)生了海量的變異，包括單核苷酸變異（Single nucleotide polymorphism，SNP）、短片段插入缺失(indels)和拷貝數(shù)變異(Copy number variation，CNV)等。這些交異可能會導致基因表達量的改變和蛋白編碼的變化。其中，基因表達量的改變由順式調控元件、反式作用因子和環(huán)境等因素共同影響，這些因素均可能造成北京鴨和野鴨之間基因表達的差異。而雜交后代中，來自雙親的

2、等位基因處于相同的反式作用和環(huán)境下，兩個等位基因的差異表達則主要由受順式調控造成。因此，雜交后代兩個等位基因之間的表達差異可以反映北京鴨和野鴨順式調控元件的不同，為快速定位順式調控的變異奠定了基礎。
　　本研究選取遠緣群體綠頭野鴨和北京鴨構建了F2資源群體，研究中所需血液樣本和組織樣本均來源于該F2資源群體。本研究共對雜交后代F1的32個組織樣本（來自3個家系，分3個時間點采集）進行了轉錄組測序，并通過生物信息學軟件和Perl語言

3、編程完成了雜交后代等位基因差異表達的分析。分析結果如下:
　　(1)32個樣本聚類分析表明不同組織的基因表達模式差異顯著;相同組織內不同時期的樣本表達模式雖然比較相近，但1日齡的樣本單獨聚在一支，19日齡和35日齡的樣本之間沒有明顯的區(qū)分;不同性別的樣本基因表達模式相近，雌性和雄性個體的基因表達數(shù)據(jù)并沒有明顯的區(qū)分。
　　(2)腹脂、肝臟、皮膚、脾、法氏囊、腦、肺、胸腺、心共9個組織的混合樣品中有624個基因為差異表達的等位

4、基因，占基因總數(shù)的3.8％，其中部分基因和脂代謝、細胞連接有關。
　　(3)在16個雜交后代胸肌樣本中鑒定出577個，占基因總數(shù)的3.5％，其中2號染色體上的OBSCN、MYL3基因，7號染色體上的NEB基因，19號染色體上的MYH3，27號染色體上MYBPH等基因的產(chǎn)物都是肌肉組織的重要組成部分。
　　綜上，等位基因差異表達現(xiàn)象在鴨子中是廣泛存在的，雜交后代中差異表達等位基因的順式調控元件在馴化過程中可能發(fā)生了改變。順式調