綠頭野鴨與北京鴨雜交后代等位基因差異表達(dá)分析.pdf

1、從野鴨到北京鴨的馴化過(guò)程中其基因組發(fā)生了海量的變異，包括單核苷酸變異（Single nucleotide polymorphism，SNP）、短片段插入缺失(indels)和拷貝數(shù)變異(Copy number variation，CNV)等。這些交異可能會(huì)導(dǎo)致基因表達(dá)量的改變和蛋白編碼的變化。其中，基因表達(dá)量的改變由順式調(diào)控元件、反式作用因子和環(huán)境等因素共同影響，這些因素均可能造成北京鴨和野鴨之間基因表達(dá)的差異。而雜交后代中，來(lái)自雙親的

2、等位基因處于相同的反式作用和環(huán)境下，兩個(gè)等位基因的差異表達(dá)則主要由受順式調(diào)控造成。因此，雜交后代兩個(gè)等位基因之間的表達(dá)差異可以反映北京鴨和野鴨順式調(diào)控元件的不同，為快速定位順式調(diào)控的變異奠定了基礎(chǔ)。
　　本研究選取遠(yuǎn)緣群體綠頭野鴨和北京鴨構(gòu)建了F2資源群體，研究中所需血液樣本和組織樣本均來(lái)源于該F2資源群體。本研究共對(duì)雜交后代F1的32個(gè)組織樣本（來(lái)自3個(gè)家系，分3個(gè)時(shí)間點(diǎn)采集）進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，并通過(guò)生物信息學(xué)軟件和Perl語(yǔ)言

3、編程完成了雜交后代等位基因差異表達(dá)的分析。分析結(jié)果如下:
　　(1)32個(gè)樣本聚類分析表明不同組織的基因表達(dá)模式差異顯著;相同組織內(nèi)不同時(shí)期的樣本表達(dá)模式雖然比較相近，但1日齡的樣本單獨(dú)聚在一支，19日齡和35日齡的樣本之間沒(méi)有明顯的區(qū)分;不同性別的樣本基因表達(dá)模式相近，雌性和雄性個(gè)體的基因表達(dá)數(shù)據(jù)并沒(méi)有明顯的區(qū)分。
　　(2)腹脂、肝臟、皮膚、脾、法氏囊、腦、肺、胸腺、心共9個(gè)組織的混合樣品中有624個(gè)基因?yàn)椴町惐磉_(dá)的等位

4、基因，占基因總數(shù)的3.8％，其中部分基因和脂代謝、細(xì)胞連接有關(guān)。
　　(3)在16個(gè)雜交后代胸肌樣本中鑒定出577個(gè)，占基因總數(shù)的3.5％，其中2號(hào)染色體上的OBSCN、MYL3基因，7號(hào)染色體上的NEB基因，19號(hào)染色體上的MYH3，27號(hào)染色體上MYBPH等基因的產(chǎn)物都是肌肉組織的重要組成部分。
　　綜上，等位基因差異表達(dá)現(xiàn)象在鴨子中是廣泛存在的，雜交后代中差異表達(dá)等位基因的順式調(diào)控元件在馴化過(guò)程中可能發(fā)生了改變。順式調(diào)