利用高通量測序技術(shù)挖掘影響雞剩余采食量的遺傳變異和功能基因.pdf

1、在家禽生產(chǎn)中，飼料成本約占飼養(yǎng)成本的70％，因此提高家禽的飼料效率能夠降低生產(chǎn)成本，提高經(jīng)濟(jì)效益，同時減輕環(huán)境壓力。為了研發(fā)肉雞飼料效率改良的分子技術(shù)，本研究利用高通量測序技術(shù)挖掘影響肉雞剩余采食量(RFI，Residual feed intake)的基因組單堿基改變及候選基因。
　　試驗(yàn)一:RFI試驗(yàn)群體的構(gòu)建及與雞生產(chǎn)性能的相關(guān)性分析
　　以北京油雞和科寶肉雞為素材，分別測定了400只北京油雞70～98日齡和800只科寶

2、肉雞29～42日齡的RFI及屠宰性能，并測定了北京油雞的肉品質(zhì)。結(jié)果表明:1）北京油雞公雞的最高RFI和最低RFI個體的剩余采食量平均每天相差60.81 g，母雞平均每天相差34.83 g;科寶公雞的最高RFI和最低RFI個體的剩余采食量平均每天相差65.10 g，母雞平均每天相差61.58 g。2）北京油雞的RFI與FCR、DFI極顯著正相關(guān)(P＜0.01)，公雞的RFI與腹脂率顯著正相關(guān)(P＜0.05)，與胸肌率和腿肌率極顯著負(fù)相關(guān)

3、(P＜0.01)，母雞的RFI與腿肌率極顯著負(fù)相關(guān)（P＜0.01）?？茖毴怆u的RFI與FCR、DFI、腹脂率極顯著正相關(guān)(P＜0.01)。說明對低RFI的選育可能會引起肌肉沉積的增加，脂肪沉積的減少。
　　試驗(yàn)二:利用全基因組重測序技術(shù)挖掘雞RFI的遺傳變異
　　北京油雞和科寶肉雞中分別選取高、低RFI個體各48只，用于全基因組重測序，每個處理分別混3個池，每個池16只雞。結(jié)果表明:1）北京油雞中篩選出6288個有效的SNP

4、s，富集到1137個基因;科寶肉雞中篩選出1000個SNPs，富集到448個基因;兩個品種中共同被富集到的基因僅有127個，且北京油雞篩選出的有效SNPs數(shù)遠(yuǎn)大于科寶肉雞;說明北京油雞中與RFI相關(guān)的變異比科寶多，反映出其遺傳背景的差異及北京油雞的RFI有更大的選育潛力。2）SNP所在區(qū)域基因功能分析顯示，北京油雞富集到了影響脂類代謝的PTEN信號通路及脂類代謝網(wǎng)絡(luò)，這反映了其體脂沉積豐富的特點(diǎn);而科寶肉雞中富集到了采食行為及影響采食行

5、為的CREB信號通路，可能與其對飼料報酬長期選育有關(guān)。北京油雞和科寶肉雞都富集到骨骼、肌肉等機(jī)體發(fā)育相關(guān)的生理過程，北京油雞中富集到的nNOS信號通路可能是影響機(jī)體發(fā)育的重要信號通路，而科寶肉雞中富集到的Rac和肌動蛋白細(xì)胞骨架信號通路可能參與了組織器官等發(fā)育過程。
　　試驗(yàn)三:利用RNA-Seq技術(shù)篩選影響雞RFI的功能基因
　　從科寶肉雞中篩選出高、低RFI的雞各3只，利用RNA-Seq技術(shù)探究了高、低RFI個體十二指腸

6、基因表達(dá)的差異。結(jié)果顯示:1）24624個基因在雞十二指腸組織中表達(dá)。差異表達(dá)基因以P＜0.05，差異倍數(shù)≥1.5或≤0.67為篩選標(biāo)準(zhǔn)，共篩選到599個差異基因，其中309個在低RFI個體中上調(diào)，290個下調(diào)。2）功能注釋和通路富集分析顯示這些基因主要參與代謝過程和免疫應(yīng)答過程，并富集到三大物質(zhì)代謝和免疫應(yīng)答等信號通路。3）RNA-Seq結(jié)果中鑒定到CCK、MPEG1、EPHB2、SERPINH1、VANGL2、CYFIP2、PCDH