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1、在家禽生產(chǎn)中,飼料成本約占飼養(yǎng)成本的70%,因此提高家禽的飼料效率能夠降低生產(chǎn)成本,提高經(jīng)濟(jì)效益,同時(shí)減輕環(huán)境壓力。為了研發(fā)肉雞飼料效率改良的分子技術(shù),本研究利用高通量測(cè)序技術(shù)挖掘影響肉雞剩余采食量(RFI,Residual feed intake)的基因組單堿基改變及候選基因。
試驗(yàn)一:RFI試驗(yàn)群體的構(gòu)建及與雞生產(chǎn)性能的相關(guān)性分析
以北京油雞和科寶肉雞為素材,分別測(cè)定了400只北京油雞70~98日齡和800只科寶
2、肉雞29~42日齡的RFI及屠宰性能,并測(cè)定了北京油雞的肉品質(zhì)。結(jié)果表明:1)北京油雞公雞的最高RFI和最低RFI個(gè)體的剩余采食量平均每天相差60.81 g,母雞平均每天相差34.83 g;科寶公雞的最高RFI和最低RFI個(gè)體的剩余采食量平均每天相差65.10 g,母雞平均每天相差61.58 g。2)北京油雞的RFI與FCR、DFI極顯著正相關(guān)(P<0.01),公雞的RFI與腹脂率顯著正相關(guān)(P<0.05),與胸肌率和腿肌率極顯著負(fù)相關(guān)
3、(P<0.01),母雞的RFI與腿肌率極顯著負(fù)相關(guān)(P<0.01)??茖毴怆u的RFI與FCR、DFI、腹脂率極顯著正相關(guān)(P<0.01)。說明對(duì)低RFI的選育可能會(huì)引起肌肉沉積的增加,脂肪沉積的減少。
試驗(yàn)二:利用全基因組重測(cè)序技術(shù)挖掘雞RFI的遺傳變異
北京油雞和科寶肉雞中分別選取高、低RFI個(gè)體各48只,用于全基因組重測(cè)序,每個(gè)處理分別混3個(gè)池,每個(gè)池16只雞。結(jié)果表明:1)北京油雞中篩選出6288個(gè)有效的SNP
4、s,富集到1137個(gè)基因;科寶肉雞中篩選出1000個(gè)SNPs,富集到448個(gè)基因;兩個(gè)品種中共同被富集到的基因僅有127個(gè),且北京油雞篩選出的有效SNPs數(shù)遠(yuǎn)大于科寶肉雞;說明北京油雞中與RFI相關(guān)的變異比科寶多,反映出其遺傳背景的差異及北京油雞的RFI有更大的選育潛力。2)SNP所在區(qū)域基因功能分析顯示,北京油雞富集到了影響脂類代謝的PTEN信號(hào)通路及脂類代謝網(wǎng)絡(luò),這反映了其體脂沉積豐富的特點(diǎn);而科寶肉雞中富集到了采食行為及影響采食行
5、為的CREB信號(hào)通路,可能與其對(duì)飼料報(bào)酬長(zhǎng)期選育有關(guān)。北京油雞和科寶肉雞都富集到骨骼、肌肉等機(jī)體發(fā)育相關(guān)的生理過程,北京油雞中富集到的nNOS信號(hào)通路可能是影響機(jī)體發(fā)育的重要信號(hào)通路,而科寶肉雞中富集到的Rac和肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架信號(hào)通路可能參與了組織器官等發(fā)育過程。
試驗(yàn)三:利用RNA-Seq技術(shù)篩選影響雞RFI的功能基因
從科寶肉雞中篩選出高、低RFI的雞各3只,利用RNA-Seq技術(shù)探究了高、低RFI個(gè)體十二指腸
6、基因表達(dá)的差異。結(jié)果顯示:1)24624個(gè)基因在雞十二指腸組織中表達(dá)。差異表達(dá)基因以P<0.05,差異倍數(shù)≥1.5或≤0.67為篩選標(biāo)準(zhǔn),共篩選到599個(gè)差異基因,其中309個(gè)在低RFI個(gè)體中上調(diào),290個(gè)下調(diào)。2)功能注釋和通路富集分析顯示這些基因主要參與代謝過程和免疫應(yīng)答過程,并富集到三大物質(zhì)代謝和免疫應(yīng)答等信號(hào)通路。3)RNA-Seq結(jié)果中鑒定到CCK、MPEG1、EPHB2、SERPINH1、VANGL2、CYFIP2、PCDH
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