紫石房蛤高通量轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)測(cè)序和分子標(biāo)記開(kāi)發(fā).pdf

1、紫石房蛤，是一種海洋雙殼貝類(lèi)，分布在中國(guó)，日本和韓國(guó)的周邊地區(qū)。由于它的高營(yíng)養(yǎng)和經(jīng)濟(jì)價(jià)值，使它成為一種重要的經(jīng)濟(jì)海產(chǎn)品。近年來(lái)，由于過(guò)度捕撈和環(huán)境惡化，紫石房蛤的自然資源一直呈下降趨勢(shì)，為了保護(hù)野生群體,開(kāi)發(fā)和利用分子標(biāo)記對(duì)紫石房蛤野生群體進(jìn)行遺傳分析是必要的。在本研究中，我們通過(guò)Illumina Hiseq2500測(cè)序平臺(tái)對(duì)紫石房蛤的鰓進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)測(cè)序，旨在獲得轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)開(kāi)發(fā)分子標(biāo)記，為這個(gè)物種遺傳多樣性分析和分子標(biāo)記輔助育種奠定基

2、礎(chǔ)。在測(cè)序報(bào)告中，我們獲得了100,480,000條原始讀段，去除低質(zhì)量序列、rRNA和接頭序列后，得到68,080,636條干凈讀段。利用這些讀段進(jìn)行組裝，共獲得到了5,115,494條重疊群，120,479條轉(zhuǎn)錄本和66,388條unigenes。通過(guò)與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，一共有26,781條unigenes被注釋。
　　利用生物信息學(xué)軟件，從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)的66,388條unigene序列中進(jìn)行篩選獲得414個(gè)微衛(wèi)星序列，

3、其中二堿基重復(fù)135個(gè)，三堿基重復(fù)217個(gè)，四堿基重復(fù)58個(gè)，分別占微衛(wèi)星序列總數(shù)的32.6％，52.4%和14%。隨機(jī)選取35個(gè)微衛(wèi)星序列設(shè)計(jì)引物，26個(gè)引物擴(kuò)增出目的產(chǎn)物，利用30個(gè)紫石房蛤個(gè)體檢測(cè)微衛(wèi)星的多態(tài)性，其中13個(gè)證明有多態(tài)性位點(diǎn)。進(jìn)一步結(jié)果分析顯示等位基因從3到6不等，平均每個(gè)位點(diǎn)4.69個(gè)等位基因；觀測(cè)雜合度和期望雜合度為0.4667-0.6667和0.5847-0.8322，沒(méi)有觀察到連鎖不平衡位點(diǎn)（LD）；2個(gè)位點(diǎn)