非特指型外周T細(xì)胞淋巴瘤microRNA表達(dá)檢測及靶基因預(yù)測分析.pdf

1、背景和目的：非特指型外周T細(xì)胞淋巴瘤(PTCL-NOS)是一組起源于胸腺后成熟的T細(xì)胞、具有高度侵襲性的惡性腫瘤;大部分發(fā)生于淋巴結(jié),在形態(tài)學(xué)、免疫表型、遺傳學(xué)和臨床等方面都存在一定的異質(zhì)性。目前,PTCL-NOS病因和發(fā)病機(jī)制不明,且其病理診斷和臨床治療都很困難。microRNA(miRNA)是一類長度為18-25個(gè)核苷酸的單鏈非編碼微小RNA,具有高度遺傳穩(wěn)定性,其主要通過與靶基因mRNA的3′非編碼區(qū)(3′UTR)結(jié)合使mRNA降

2、解或抑制其翻譯,從而在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控基因表達(dá)。近年來,已有研究報(bào)道m(xù)iRNA異常與淋巴造血系統(tǒng)腫瘤的發(fā)生、發(fā)展等密切相關(guān),使人們對(duì)淋巴造血系統(tǒng)腫瘤的發(fā)生機(jī)制、診斷、預(yù)后和治療有了新的認(rèn)識(shí)。但非特指型外周T細(xì)胞淋巴瘤中miRNA研究鮮見報(bào)道。因此,本研究目的旨在分析PTCL-NOS腫瘤組織中miRNA的表達(dá)情況,探索其分子改變特征。
　　方法：
　　采用TaqMan MicroRNA Array(A+B)芯片檢測6例PTCL-

3、NOS和3例反應(yīng)性淋巴組織增生石蠟包埋組織中miRNA表達(dá)情況,篩選差異表達(dá)miRNA,并應(yīng)用實(shí)時(shí)定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(qRT-PCR)對(duì)其中3種差異表達(dá)miRNA在28例PTCL-NOS中驗(yàn)證表達(dá)譜結(jié)果;應(yīng)用計(jì)算機(jī)預(yù)測算法預(yù)測差異表達(dá)miRNA靶基因;并進(jìn)一步采用生物信息學(xué)方法分析靶基因所屬顯著信號(hào)傳導(dǎo)通路(Pathway)分類和顯著基因本體(Gene Ontology,GO)分類。
　　結(jié)果：
　　1.組織病理形態(tài)學(xué)特

4、點(diǎn),28例PTCL-NOS標(biāo)本,其中男性15例,女性13例;年齡12～80歲,中位年齡62歲;原發(fā)于淋巴結(jié)內(nèi)者21例,結(jié)外7例。淋巴組織反應(yīng)性增生13例作為對(duì)照。HE染色切片中,28例PTCL-NOS主要形態(tài)學(xué)改變:腫瘤細(xì)胞呈彌散浸潤,淋巴結(jié)構(gòu)破壞;瘤細(xì)胞形態(tài)多樣,異型性明顯,多數(shù)細(xì)胞中至大淋巴樣細(xì)胞;核呈多形性、不規(guī)則,核仁明顯,染色質(zhì)多或泡狀,部分病例可見透明細(xì)胞和R-S樣細(xì)胞;伴有多形性炎性背景:混雜有小淋巴細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞、漿

5、細(xì)胞、大B細(xì)胞;腫瘤間質(zhì)血管增生明顯,主要為分支狀高內(nèi)皮小靜脈;免疫表型:28例PTCL-NOS的腫瘤細(xì)胞均不同程度表達(dá)CD3,Ki-67陽性率在10％～90%之間。
　　2.mircoRNA芯片分析和qRT-PCR驗(yàn)證結(jié)果顯示:8種表達(dá)顯著差異的miRNAs,包括7種高表達(dá)(miR-886-3p,miR-511,miR-1291,miR-572,miR-27a-3p,miR-25-3p,miR-886-5p)和1種低表達(dá)(miR

6、-182-5p);(P<0.01,FDR<0.05,除hsa-miR-886-5p(15)外)。選擇3種miRNA(miR-1291,miR-511,miR-572)作為對(duì)象,應(yīng)用qRT-PCR進(jìn)一步在28例PTCL-NOS腫瘤組織(包含用于芯片分析的6例)中驗(yàn)證其表達(dá)量,結(jié)果這3種miRNA表達(dá)均上調(diào),其中miR-572上調(diào)具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。
　　3.生物信息學(xué)分析結(jié)果:miRanda軟件預(yù)測靶基因11265個(gè),T

7、argetScan預(yù)測3272個(gè);兩個(gè)軟件預(yù)測靶基因的交集基因1646個(gè)?；虮倔w(Gene Ontology,GO)分析和信號(hào)通路分析(Pathway-anlysis)結(jié)果提示基因功能顯著分布在63個(gè)功能區(qū)域,靶基因分布的顯著信號(hào)通路有61條,其中顯著GO分析提示靶基因功能主要富集在器官的發(fā)育、代謝過程,細(xì)胞分裂、分化、胞內(nèi)信號(hào)傳導(dǎo)、蛋白合成等功能上。Pathway顯著性分類提示:靶基因參與的顯著信號(hào)通路有絲裂原激活的蛋白激酶信號(hào)通路

8、(MAPK signaling pathway)、癌癥通路(cancer pathway)、Wnt信號(hào)通路、血管生長因子信號(hào)通路(VEGF signaling pathway)、轉(zhuǎn)化生長因子β信號(hào)通路(TGF-β signaling pathway)、細(xì)胞粘附分子(Cell adhesion molecules,CAMs)等。
　　結(jié)論：
　　1.本實(shí)驗(yàn)采用石蠟包埋組織,對(duì)PTCL-NOS和炎性反應(yīng)增生的淋巴結(jié)組織進(jìn)行研究分

9、析顯示,與炎性反應(yīng)增生的淋巴結(jié)組織相比,PTCL-NOS腫瘤組織中存在8個(gè)顯著差異表達(dá)的miRNAs,其中miR-886-3p,miR-511,miR-1291,miR-572,miR-27a-3p,miR-25-3p,miR-886-5p上調(diào)、miR-182-5p下調(diào)。該表達(dá)差異的miRNA可用于區(qū)分PTCL-NOS與反應(yīng)性淋巴組織增生;這些miRNAs可能參與該腫瘤發(fā)生發(fā)展的分子調(diào)控,其意義有待于進(jìn)一步探討。
　　2.生物信息