我國部分鵝品種（類群）Myostatin基因SNPs及遺傳多樣性研究.pdf

1、本研究首次獲得家鵝Myostatin基因3’-調控區(qū)部分序列(GenBank登錄號為DQ291134)以及內含子1全序列(GenBank登錄號為DQ355160)，分析了兩序列結構特點，并利用GenBank中不同物種Myostatin基因相關的序列信息，初步研明了Myostatin基因cDNA、3'-調控區(qū)以及內含子等核苷酸序列對分析物種進化的貢獻；在測序的基礎上，利用Oligo6.0和PrimerPremierV5.0引物設計軟件設計

2、了15對PCR-SSCP引物，首次獲得了3個品種鵝Myostatin基因不同區(qū)段單核苷酸多態(tài)(SNP)特點，初步分析了不同SNPs與揚州鵝(80日齡)、皖西白鵝(110日齡)和五龍鵝(110日齡)的屠體重、胸肌重、胸肌率、腿肌重、腿肌率、全凈膛重、全凈膛率等屠體性狀之間的關系；利用多態(tài)性豐富的6個微衛(wèi)星基因座對雁鵝、皖西白鵝、五龍鵝、揚州鵝、浙東白鵝、興國灰鵝、四季鵝以及引進品種萊茵鵝等8個家鵝品種(類群)的遺傳多樣性以及親緣關系進行了

3、探索。研究結果如下： (1)家鵝Myostatin基因不同區(qū)域序列特征為： 5’-調控區(qū)核苷酸序列的堿基組成中，A+T的比例為63.32％，G+C為36.44％；轉錄起始點位于第1外顯子上游117bp處；轉錄起始點上游-73bp處為CCAAT盒，-27bp處有一TATA盒；與GenBank中登錄的鵝同一序列的同源性高達99％。同時比對結果發(fā)現(xiàn)，在-386bp處(T→A)、-371bp處(T→G)、-176bp處(A→T)

4、、-154b處(A→T)、-72bp處(C→T)具有待檢測的單堿基突變位點。 3’-調控區(qū)序列中，A+T的比例為65.23％，G+C為34.77％；序列1048～1054bp處為一polyA加尾信號序列(TAATAAA)；富連續(xù)的“TTTT”的高保守區(qū)重復序列，與虎皮鸚鵡Myostatin基因3’-調控區(qū)序(也為本研究試驗結果，GenBank登錄號為DQ295804)的同源性達88.1％，與家雞的同源性達87.8％。 完

5、整的鵝Myostatin基因內含子1包含2106bp堿基數(shù)，其中，A+T含量為61.21％，G+C為38.60％，與家雞內含子1(AF346599)的序列同源性達82.7％；具有"GU-AG"的保守序列作為RNA結合蛋白的識別序列，參與剪接或在剪接中具有其他的重要功能。 (2)Myostatin基因的編碼區(qū)在進化過程中高度保守，在所分析的17個物種(分屬于魚類、鳥類和哺乳類)的同源性極高(55.8～100％)，利用其構建的分子系

6、統(tǒng)進化樹能較為全面的反映不同物種在較高分類階元上的親緣關系；Myostatin基因3’-調控區(qū)序列在近緣物種間也高度同源，但在親緣關系較遠的物種間同源性極低(如雞與黃鰭鯛3’-調控區(qū)序列的同源性僅為2.6％)，以其序列構建的系統(tǒng)發(fā)育進化樹適合于分析物種在較低分類階元上的親緣關系，但當用于探索物種在較高階元上的進化時卻出現(xiàn)偏差，因此Myostatin基因不同區(qū)段的基因序列對分析物種進化過程中的貢獻不同。 (3)15對引物在檢驗My

7、ostatin基因單核苷酸多態(tài)時，發(fā)現(xiàn)了4個單核苷酸多態(tài)位點。引物3ex2與3ex3同時檢測到第3外顯子由A263→C所產生的單堿基“沉默”突變位點。3’-調控區(qū)中，引物3et1擴增多態(tài)性是由A88→G的單堿基突變所產生，引物3et3多態(tài)性是由G353→T所引起；5’-調控區(qū)中，引物5et3的擴增多態(tài)性為C-662→A的點突變所產生。 (4)群體遺傳學分析表明，編碼區(qū)第3外顯子A263→C的突變率在3個鵝群中均極低，CC基因型占

8、絕對優(yōu)勢，沒有發(fā)現(xiàn)純合DD基因型，而總群體CD基因型頻率僅為3％；引物3et1的擴增多態(tài)性在3個鵝群體中有差異，雖均未能發(fā)現(xiàn)突變純合FF型，但揚州鵝具有較高的雜合子頻率(55％)，五龍鵝的雜合子頻率為20％，而皖西白鵝僅為3.3％；3et3SNP多態(tài)位點具有3種基因型，GG型比例在3個鵝群中均較高，且以皖西白鵝為最高(83.3％)，而雜合子比例以五龍鵝為最高(33.3％)；5et3SNP多態(tài)性在3個鵝品種間差異不大，均具有較高頻率的AA

9、基因型，皖西白鵝以BB基因型最低，而揚州鵝與五龍鵝的AB基因型頻率則最低。 (5)3et3位點不同基因型對80日齡的揚州鵝與110日齡的皖西白鵝的腿肌重和腿肌率有一定的影響，GG型的腿肌重及腿肌率顯著高于HH型(P＜0.05)，盡管110日齡五龍鵝3et3位點的3種基因型的腿肌重及腿肌率差異不顯著，但各屠體性狀也表現(xiàn)出GG型＞GH型＞HH型的趨勢。 (6)6個微衛(wèi)星基因座在8個家鵝品種(類群)中共檢測到27個等位基因，其

10、中以G07微衛(wèi)星座檢測到的等位基因最多(7個)，CKW14和CAUD013兩個基因座的等位基因最少，為2個。中國家鵝與萊茵鵝在CKW13、CKW14等基因座上存在一定的差異，可以作為中國鵝和歐洲鵝群體遺傳學的判別依據(jù)。7個中國家鵝品種(類群)的平均基因雜合度(H)為0.3789～0.5826，多態(tài)信息含量(PIC)為0.3237～0.4690，浙東白鵝的H值最高，為0.5826，皖西白鵝的PIC最高，為0.4690，而雁鵝具有最低的H和

11、PIC，必須加強對這一寶貴的遺傳資源的多樣性保護。萊茵鵝的H值為0.4305，PIC為0.3513，稍高于雁鵝，但不及其它中國家鵝，遺傳多樣度也偏低。 (7)利用6個微衛(wèi)星基因座對8個家鵝品種(類群)的聚類結果表明，引進品種萊茵鵝與所有7個中國家鵝的親緣關系均較遠。7個中國家鵝中，五龍鵝獨有的地理分布類型導致其與另外6個中國家鵝品種(類群)的分歧時間最早，親緣關系最遠；另外的6個家鵝品種(類群)同處于低海拔農業(yè)發(fā)達地區(qū)，其親緣關