結(jié)腸癌甲基化標(biāo)記的可重復(fù)性與功能研究.pdf

1、癌癥是一種復(fù)雜的多階段疾病，基因突變、拷貝數(shù)的改變、microRNA和表觀遺傳學(xué)等因素的改變都能導(dǎo)致癌癥的發(fā)生。DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)最主要的一種形式，異常的DNA甲基化在癌癥的發(fā)生過(guò)程中起著至關(guān)重要的作用。隨著高通量技術(shù)的發(fā)展，DNA甲基化芯片已被廣泛地應(yīng)用于癌癥研究中。識(shí)別癌癥中的異常DNA甲基化基因不僅可以幫助了解癌癥發(fā)生的生物學(xué)機(jī)制，且有利于癌癥的診斷和治療。在過(guò)去關(guān)于生物學(xué)標(biāo)記的研究中，同種癌型的不同實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)的生物學(xué)標(biāo)記的

2、交疊比例通常都很低，因此在運(yùn)用DNA甲基化作為疾病標(biāo)志前需要對(duì)其重復(fù)性進(jìn)行充分的評(píng)價(jià)。有工作提出雖然基因標(biāo)記本身不交疊，但是它們可能都影響相同的生物學(xué)功能。故在評(píng)價(jià)差異甲基化基因重復(fù)性時(shí)，我們認(rèn)為應(yīng)考慮基因在生物學(xué)功能上的一致性而非表面上的交疊基因所占的比例。另外，已有研究發(fā)現(xiàn)癌癥中高低甲基化是相互獨(dú)立的過(guò)程，但是基因啟動(dòng)子區(qū)域的異常低甲基化的生物學(xué)功能還不明確，所以我們分開(kāi)研究高低甲基化作用的功能差異。
　　本文首先從位點(diǎn)和基因

3、兩個(gè)層面，對(duì)兩套結(jié)腸癌甲基化數(shù)據(jù)找到的差異甲基化基因重復(fù)性評(píng)價(jià)，發(fā)現(xiàn)直接的差異甲基化標(biāo)記重復(fù)性不高，但是它們的改變方向高度一致；接著，我們從功能的角度出發(fā)，設(shè)計(jì)了功能重復(fù)性指標(biāo)POE值評(píng)價(jià)差異甲基化基因列表的可重復(fù)性，發(fā)現(xiàn)差異甲基化基因具有高度的功能可重復(fù)性，該結(jié)果說(shuō)明在功能水平上評(píng)估差異甲基化基因的一致性具有合理性；最后，通過(guò)對(duì)高低甲基化基因富集功能的比較，我們發(fā)現(xiàn)結(jié)腸癌基因組中的高甲基化基因主要影響發(fā)育過(guò)程，而低甲基化基因則主要影響