豬PA28和PA700基因家庭相關基因的分離、定位、SNP-,S-檢測及其與性狀的關聯(lián)分析.pdf

1、該研究利用生物信息學與分子生物學技術相結合的方法,克隆和定位了這兩個家族的12個基因(PA28家族的2個基因和PA700家族的10個基因),取得了如下結果:1.結合豬EST數(shù)據(jù)庫的信息和cDNA末端快速擴增(RACE)的方法,分離并鑒定了豬蛋白酶體激活因子PA28α和PA28β基因(PSME1和PSME2)的全長cDNA序列,GenBank數(shù)據(jù)庫收錄號分別為AF527990和AF527991.2.用RT-PCR的方法,我們對PSME1和

2、PSME2基因進行了組織表達譜分析.3.利用電腦克隆、RACE和RT-PCR的方法相結合,克隆了蛋白酶體激活因子PA700相關基因PSMC1、PSMC4和PSMC5共3個基因的全長cDNA序列,以及PSMC2和PSMD4基因的完整編碼區(qū)(coding sequence,CDS).進行了蛋白質序列的推導和功能域的預測.4.根據(jù)豬EST數(shù)據(jù)庫的已有數(shù)據(jù),利用PCR的方法,分離了PSMC1-PSMC6和PSMD2-PSMD5共10個基因的基因

3、組DNA片段并經測序確認.5.用SCHP和IMpRH克隆板,對PSME1和PSME2基因進行了染色體區(qū)域定位和精細定位.6.用IMpRH克隆板,對PA700基因家族的10個基因進行了精細定位,結果表明,它們分布在8條不同的染色體上.7.對PA28的2個基因和PA700的10個基因共12個基因進行了SNPs的檢測.8.對上述10個可用PCR-RFLP方法檢測的SNPs在二花臉、梅山豬、藏豬、清平豬、杜洛克和大白豬中進行群體遺傳學分析.9.

4、在試驗雜交群體(L×YT;Y×LT)的上下代中檢測了這10個SNPs的遺傳方式,均呈共顯性遺傳方式.10.在荷蘭學者贈送的資源家系中,對PSME1基因第八內含子SphI-RFLP的多態(tài)性與部分生產性狀進行了關聯(lián)分析.11.在該室與通城縣畜牧局合作組建的試驗群體中,采用方差分析的最小二乘分析法,對上述SNPs(除了PSME1基因,PSMC5基因TaiI-RFLP、DdeI-RFLP和PSMD2基因)與部分生產性狀(如:初生至上市平均日增重