基因表達(dá)系列分析在結(jié)腸癌研究中的應(yīng)用.pdf

1、上海交通大學(xué)博士學(xué)位論文基因表達(dá)系列分析在結(jié)腸癌研究中的應(yīng)用姓名：樊軍衛(wèi)申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：外科學(xué)（普通外科學(xué)）指導(dǎo)教師：彭志海;王理偉20080507上海交通大學(xué)博士學(xué)位論文 基因表達(dá)系列分析在結(jié)腸癌研究中的應(yīng)用上調(diào)基因前2 0 條和下調(diào)基因前2 0 條中，1 0 條基因( 2 5 ％) 的表達(dá)變化在結(jié)腸癌中的意義已被證實(shí)，另有1 3 條基因( 3 3 ％) 的表達(dá)變化在其他腫瘤研究中與以前報(bào)道一致?；蛐酒Y選出差異表達(dá)基因富集

2、的生物學(xué)分類和通路大多數(shù)與腫瘤發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)，提示基因芯片數(shù)據(jù)反映了結(jié)腸癌轉(zhuǎn)錄組改變的分子特征。基因芯片數(shù)據(jù)與公共轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)S A G ED G E D 對比，S A G ED G E D 篩出的1 8 5 條結(jié)腸癌差異表達(dá)基因中6 4 ％( 1 1 9 ／1 8 5 ) 的基因與基因芯片中基因表達(dá)趨勢相符。結(jié)腸癌和正常結(jié)腸上皮L o n g S A G E 文庫中共得到1 0 0 ，6 6 6 條標(biāo)簽。結(jié)腸癌細(xì)胞L o n g S

3、A G E 文庫中重復(fù)的雙標(biāo)簽體比例為6 ．1 5 ％，正常結(jié)腸細(xì)胞L o n g S A G E 文庫中重復(fù)的雙標(biāo)簽體比例為6 ．4 7 ％。L o n g S A G E 文庫篩選出結(jié)腸癌差異表達(dá)基因7 0 5條( 尸< O ．0 5 ) 。L o n g S A G E 文庫數(shù)據(jù)與基因芯片數(shù)據(jù)對比，兩者共同篩選出差異表達(dá)基因4 0 4 條，其中3 8 8 條( 9 6 ％) 在兩個(gè)平臺(tái)中表達(dá)趨勢一致。I F I T M 3

4、，T G F B I 和U B D 基因在結(jié)腸癌中表達(dá)上調(diào)；M T I G 和M T I F 基因在結(jié)腸癌中表達(dá)下調(diào)。結(jié)論：本課題建立激光捕獲顯微切割一長標(biāo)簽基因表達(dá)系列分析( L C M —L o n g S A G E ) 對結(jié)腸癌轉(zhuǎn)錄組改變進(jìn)行定量研究的技術(shù)流程，并應(yīng)用L C M 一全基因組基因芯片一基因集合富集分析( L C M - M i c r o a r r a y - G S E A ) 流程證實(shí)了經(jīng)過L C M 和線性