利用RNA-Seq技術分析蒙古沙冬青低溫脅迫表達譜及其AmNAC2基因的克隆.pdf

1、低溫可導致植物在分子、生理生化和形態(tài)結構等水平發(fā)生一系列變化，其中基因表達水平的改變是植物響應和抵抗低溫逆境的重要遺傳基礎。本論文利用Illumina技術對強抗寒植物蒙古沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）在低溫脅迫期間的表達譜進行了分析，并對其低溫誘導表達轉錄因子基因AmNA C2進行了克隆，主要研究結果如下:
　　(1)在低溫處理0h（對照）、2h、8h和24 h的測序文庫中均獲得8M以上的Clean

2、reads。將其與實驗室之前獲得的蒙古沙冬青轉錄組參考基因序列進行比對，分別檢測到60279(70.0％)～62693(72.9％)個Unigenes序列。
　　(2)通過比較低溫處理前后基因表達量的變化，在三個低溫處理時間點分別鑒定出4038、3917和4413個差異表達基因(DEGs)，其中上調表達DEGs分別為2027、1894和1924個，下調表達DEGs分別為2011、2023、和2489個。
　　(3)用RT-q

3、PCR方法對11個DEGs進行表達分析，證明其中9個(81.8％)DEGs的表達模式與RNA-Seq分析結果一致，表明本論文中DEGs的鑒定結果是相當可靠的。
　　(4)在三個時間點的DEGs中有大量已知的脅迫應答基因和許多新基因。通過GO功能和KEGG pathway顯著性富集分析，表明這些基因主要參與刺激和脅迫應答、次生代謝、脂類代謝、激素信號轉導和淀粉與蔗糖代謝等生理生化過程，質體、葉綠體和生物膜等外圍結構組分，以及氧化還原

4、酶活性、抗氧化活性和糖基水解酶及轉移酶活性等分子功能。
　　(5)通過文氏圖分析，在三個時間點鑒定出851個共有上調DEGs和1174個共有下調DEGs。其中共有上調基因主要參與刺激和脅迫應答、防衛(wèi)反應和次生代謝過程，質體和葉綠體的組成，以及氧化還原酶等催化活性。而共有下調基因除了主要參與刺激和脅迫應答及氧化還原酶活性外，還與脂類或脂肪酸代謝及其亞細胞定位過程關系較為密切。
　　(6)用RACE和RT-PCR方法擴增到AmN