條斑紫菜的遺傳多樣性分析.pdf

1、條斑紫菜（Pyropia/Porphyrayezoensis）屬紅藻門（Rhodophyta）、紅毛菜綱（Bangiophyceae）、紅毛藻目（Bangiales）、紅毛菜科（Bangiaceae）、紫菜屬（Pyropia/Porphyra），分布在太平洋西岸。是潮間帶藻類的模式物種，是實驗室內(nèi)抗逆機(jī)理研究的理想材料。近年來條斑紫菜在我國、日本和韓國進(jìn)行了大規(guī)模的栽培。紫菜因含有豐富的蛋白質(zhì)和紫菜多糖而具有很高的營養(yǎng)價值和保健價值?，F(xiàn)

2、在養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)中品系不斷退化，病害頻發(fā)，品系少等原因給紫菜產(chǎn)業(yè)帶來了很大損失。為了新的栽培品系的開發(fā)和培育，對于野生種質(zhì)資源的調(diào)查和保護(hù)就顯的十分重要。所以本研究利用SSR標(biāo)記和ITS序列對4個地域六個條斑紫菜群體進(jìn)行了遺傳多樣性的調(diào)差。旨在評估我國野生條斑紫菜的遺傳多樣性，為種質(zhì)庫的建立提供依據(jù)，為良種的培育開發(fā)提供種質(zhì)基礎(chǔ)。
　　在對紫菜的分子生物學(xué)研究中，高質(zhì)量DNA的提取制備是一個十分重要的基礎(chǔ)環(huán)節(jié)。本文利用生物樣品均質(zhì)器探索

3、出了一套可以快速研磨樣品高效制備基因組DNA的方法。SSR標(biāo)記作為第二代分子標(biāo)記技術(shù)在條斑紫菜中已經(jīng)得到了應(yīng)用，但是傳統(tǒng)開發(fā) SSR標(biāo)記的技術(shù)繁瑣，效率低。我們在測序的技術(shù)上對條斑紫菜從基因組層面上進(jìn)行了SSR標(biāo)記的開發(fā)，用開發(fā)的11個具有多態(tài)性的SSR標(biāo)記對大連、威海、煙臺和青島四個地域6個條斑紫菜群體的遺傳多樣性進(jìn)行了評估。利用Popgene軟件分析了不同群體的遺傳多樣性和群體間的遺傳關(guān)系，用UPGMA法構(gòu)建了六個群體的系統(tǒng)發(fā)生樹。

4、ITS序列在條斑紫菜中已經(jīng)有研究證明了可以將其和甘紫菜等區(qū)分開，ITS1序列在條斑紫菜內(nèi)部出現(xiàn)了很多多態(tài)性的堿基位點，實驗中同樣證明了ITS2和5.8S中同樣存在多態(tài)性位點。我們對6個野生群體進(jìn)行了物種的鑒定，另外利用ITS序列對不同地域的條斑紫菜進(jìn)行多樣性分析。結(jié)果如下：
　　利用四種研磨介質(zhì)、干燥和新鮮兩種樣品材料、不同的研磨時間，優(yōu)化了條斑紫菜葉狀體DNA制備的方法。實驗結(jié)果證明用0.2mL鋼珠作為研磨介質(zhì)，研磨時間為5s，

5、研磨速度為6800rpm，研磨干燥和新鮮樣品材料，利用我們的提取方法可以制備高質(zhì)量的條斑紫菜DNA。
　　從基因組中按照重復(fù)基序類型所占的比例挑選出56個SSR位點設(shè)計了引物，通過引物的篩選，最后獲得了11對具有多態(tài)性的位點。利用這11個SSR位點6個野生條斑紫菜群體的遺傳多樣性進(jìn)行了評估，青島和大連群體的遺傳多樣性較高，而威海和煙臺群體的遺傳多樣性較低。青島兩個地點湛山灣（Qingdao_ZS）和匯泉灣（Qingdao_HQ）兩

6、個群體的遺傳距離最?。?.0091），遺傳相似系數(shù)最高(0.991)，而煙臺（Yantai）群體和威海（Weihai）群體的遺傳距離最大（0.3487），遺傳相似系數(shù)最?。?.7056）。通過UPGMA聚類分析，將青島的三個群體聚為一支后與威海（Weihai）群體聚為一支；大連（Dalian）群體和煙臺（Yantai）群體聚為一支，最后兩支聚為一支。
　　在野生條斑紫菜的6個群體中，每個群體中ITS成功測序的樣品數(shù)為20-28個，

7、最高的為Qingdao_ZS群體，最少的為Weihai群體。所有樣品的ITS1序列通過聚類分析，均與條斑紫菜聚為一支。群體內(nèi)的遺傳距離為0.0011-0.0129，最大的為Dalian群體。甘紫菜（P.tenera）和P.kinositae與條斑紫菜樣品的遺傳距離最遠(yuǎn)，Dalian群體與其他5個地域的群體的遺傳距離最遠(yuǎn)。
　　實驗結(jié)果表明，SSR和ITS序列都可以作為條斑紫菜群體遺傳多樣性調(diào)查的方法；中國條斑紫菜野生群體的遺傳多樣