利用微衛(wèi)星標(biāo)記探討壇紫菜的遺傳多樣性.pdf

1、參考Wattier等(2000)的方法從壇紫菜葉狀體中提取基因組DNA，并用CTAB/NaCl加以純化，得到質(zhì)量較高的DNA。經(jīng)紫外分光光度計(jì)檢測其OD260/OD280比值為1.89～1.95；瓊脂糖凝膠電泳檢測其大小約為23Kb且無RNA污染，適用于微衛(wèi)星分子標(biāo)記研究。根據(jù)胡則輝等(2006)報(bào)道的壇紫菜微衛(wèi)星DNA序列設(shè)計(jì)特異引物，進(jìn)行壇紫菜微衛(wèi)星的PCR擴(kuò)增反應(yīng)。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)聚丙烯酰胺凝膠電泳并采用Brant等(1991)的銀染方

2、法染色。結(jié)果表明，在所設(shè)計(jì)的25對(duì)引物中有7對(duì)擴(kuò)增出了較好的DNA圖譜，且僅有3對(duì)引物得到了3條可區(qū)分壇紫菜野生種及2個(gè)優(yōu)良群體(生長快型、高蛋白型)的差異性條帶：25＃-231、14＃-302和4＃-117，其中25＃-231與14＃-302兩差異條帶經(jīng)純化、克隆及測序后，根據(jù)特征帶的序列和原引物序列重新設(shè)計(jì)引物并進(jìn)行PCR擴(kuò)增反應(yīng)，電泳結(jié)果表明這兩條帶確實(shí)可以作為生長快群體及野生種群體的特征分子標(biāo)記。 本研究同時(shí)還使用15對(duì)

3、微衛(wèi)星引物對(duì)壇紫菜4個(gè)非養(yǎng)殖群體80個(gè)樣品進(jìn)行了遺傳多樣性分析，擴(kuò)增的總位點(diǎn)數(shù)為39個(gè)，其中多態(tài)性位點(diǎn)為29個(gè)，占74.4％。在這4個(gè)群體中，平均有效等位基因數(shù)為1.3806(1.3233～1.5163)，平均遺傳雜合度為0.2593(0.2178～0.33 10)，平均PIC值為0.4833(0.4808～0.4878)。結(jié)果表明，本實(shí)驗(yàn)所用的15個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)具有較豐富的多態(tài)性，顯示了這4個(gè)壇紫菜非養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性。用Popgen

4、32軟件構(gòu)建4個(gè)壇紫菜群體間的Nei’s遺傳距離矩陣，結(jié)果表明，4個(gè)壇紫菜群體的Nei’s遺傳相似系數(shù)在0.8933～0.9617之間，Nei’s遺傳距離在0.0390～0.1128之間。AMOVA結(jié)果說明壇紫菜遺傳多樣性主要體現(xiàn)在個(gè)體的遺傳差異上。根據(jù)Nei’s遺傳距離矩陣通過MEGA 4.0軟件用UPGMA法構(gòu)建4個(gè)壇紫菜群體間的聚類圖。結(jié)果表明生長于平潭縣同一島上的陽面和陰面群體首先聚在一起，個(gè)體之間的遺傳差異很小(相似系數(shù)高達(dá)0