用微衛(wèi)星方法進(jìn)行犬種鑒定.pdf

1、犬是遺傳病高發(fā)群體,我國(guó)多數(shù)寵物犬沒(méi)有清晰的遺傳背景族譜，因此在臨診實(shí)踐中較難根據(jù)犬種特發(fā)病來(lái)輔助診斷，在寵物主的喂養(yǎng)和管理中也很難根據(jù)其遺傳特點(diǎn)進(jìn)行合理喂養(yǎng)和管理。通過(guò)外觀判定犬種有一定的局限性，本研究嘗試?yán)梦⑿l(wèi)星標(biāo)記進(jìn)行犬的犬種鑒定。
　　本研究首先利用美國(guó)犬基因組測(cè)序小組在65個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)上的百余頭美國(guó)犬業(yè)協(xié)會(huì)注冊(cè)的純種犬的微衛(wèi)星基因型數(shù)據(jù)，選取其中39個(gè)中國(guó)寵物飼養(yǎng)中常見(jiàn)的品種，分別比較位點(diǎn)頻率法、貝葉斯法和遺傳距離法對(duì)

2、數(shù)據(jù)庫(kù)中的犬個(gè)體進(jìn)行個(gè)體歸類的準(zhǔn)確度。并用structure軟件分析犬個(gè)體的基因遺傳來(lái)源以探索對(duì)犬個(gè)體的純種分析可行性。在65個(gè)位點(diǎn)基礎(chǔ)上根據(jù)期望雜合度、多態(tài)性信息、F統(tǒng)計(jì)、觀測(cè)雜合度值及基于上述值由高至低及BELS算法和隨機(jī)序列的統(tǒng)計(jì)排序進(jìn)行1個(gè)到65個(gè)位點(diǎn)組合，用上述方法進(jìn)行個(gè)體歸類，以找到經(jīng)濟(jì)的較少的檢測(cè)位點(diǎn)組合。并采集15頭12個(gè)品種的犬進(jìn)行15個(gè)位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增以行驗(yàn)證。
　　在對(duì)39個(gè)犬種的微衛(wèi)星基因型數(shù)據(jù)庫(kù)分析后發(fā)現(xiàn)

3、，在使用全部65個(gè)位點(diǎn)的情況下，使用位點(diǎn)頻率法，92.1％的犬被正確歸類到自己所屬的犬種，貝葉斯方法正確歸類率97.7%，遺傳距離法正確歸類率71.7%。并且多數(shù)犬種都表現(xiàn)出種群成分基因組來(lái)源的單一性。
　　65個(gè)座位經(jīng)排序后的歸類正確率檢測(cè)結(jié)果發(fā)現(xiàn)前10個(gè)高多態(tài)性位點(diǎn)依序加入時(shí)，歸群準(zhǔn)確率迅速上升，增加到25個(gè)座位時(shí)，準(zhǔn)確率上升率放緩，而在多于25個(gè)位點(diǎn)以后，準(zhǔn)確率基本穩(wěn)定。說(shuō)明可以用較少的位點(diǎn)達(dá)到近似的檢測(cè)效果。
　　在