基于日本晴遺傳背景的普通野生稻全基因組單片段替換系庫的初步構(gòu)建.pdf

1、普通野生稻(OryzarufipogonGriff.)是我國重要的作物野生資源。為了開展普通野生稻功能基因組學(xué)研究，本研究以測序粳稻日本晴(O.sativaL.subsp,japonica)為受體和輪回親本，以兩份多態(tài)性較好、具有高度代表性的廣西普通野生稻核心種質(zhì)DP15和DP30為供體，通過連續(xù)回交和SSR(Simple sequence repeats)標(biāo)記輔助選擇的方法構(gòu)建普通野生稻單片段替換系群體(Single segment

2、substitution lines，SSSLs)。用覆蓋水稻全基因組的563對SSR引物檢測供體(DPI5和DP30)和受體（日本晴），從中挑選出212對分布在水稻12條染色體上的多態(tài)性引物跟蹤供體的基因型。研究結(jié)果表明：在BC3FI代分別獲得了79個和82個替換片段，這些片段基本上能相互重疊并覆蓋水稻12條染色體。其中1號染色體含有的替換片段數(shù)最多，共為18個，10號染色體含有的替換片段數(shù)最少，共為10個。這161個替換片段中最長的

3、為140.35cM，最短的為8.6cM，平均長55.3cM，總替換長度為8904.07cM，是水稻整個染色體組長度的4倍多，總覆蓋長度為1732.06cM，覆蓋野生稻全基因組達(dá)98.89％。隨機(jī)選取其中的12個替換片段株系用96個多態(tài)性引物檢測其遺傳背景，發(fā)現(xiàn)供體DNA殘留率在2.0-15.6％之間。本研究將繼續(xù)通過回交和標(biāo)記輔助選擇，最終獲得一整套覆蓋普通野生稻全基因組的SSSL庫。這樣的SSSL庫可以作為一個較高層次的材料平臺，對稻