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文檔簡介
1、本實驗利用測序和PCR-SSCP的方法,檢測了218頭中國荷斯坦種公牛甘露糖結合凝集素(Mannan-Binding Lectin-C,MBL2)基因的單核苷酸多態(tài)性。利用生物信息學的方法對發(fā)現(xiàn)的SNPs位點進行了分析,并分析了其多態(tài)性與精液品質和公牛后裔產奶性能及乳房炎抗性的相關性,以及MBL2基因在健康及患乳房炎奶牛不同組織的表達情況。結果如下:
1.在牛MBL2基因啟動子區(qū)發(fā)現(xiàn)3個新的突變位點,分別為g.895A/T、g
2、.905A/G和g.956T/C;在外顯子1(exon1)發(fā)現(xiàn)4個突變位點,即g.1164G/A、g.1197C/A、g.1198G/A和g.1207T/C;在外顯子2(exon2)發(fā)現(xiàn)了一個新的突變位點g.1676C/T。分析發(fā)現(xiàn),g.1164G/A和g.1197C/A為非同義突變,分別導致其編碼的第31位和第42位氨基酸發(fā)生精氨酸-谷氨酰胺(R-Q)和脯氨酸-谷氨酰胺(P-Q)替換。只有g.1164G/A和g.1676C/T位點滿足
3、Hardy-Weinberg平衡(p>0.05)。測序發(fā)現(xiàn)g.905A/G和g.956T/C緊密連鎖,g.1198G/A與g.1207T/C緊密連鎖,在相關性分析中合記為g.905W/M和g.1198W/M(W代表野生型等位基因,M代表突變型等位基因)。
2.生物信息學分析發(fā)現(xiàn),牛MBL2基因5'調控區(qū)不存在CpG島結構,具有1個TATA box,多個增強子(enhancer)和通用型轉錄因子(TFⅡD)。此外,在還發(fā)現(xiàn)了大量
4、的轉錄因子結合位點,包括NF-1、AP-2、GR、SP1、c-Myb等。其中g.895A/T、g.905A/G和g.956T/C分別位于GR、c-Myb和NF-E轉錄原件內,其堿基替換導致轉錄因子結合位點的改變,可能影響MBL-C的表達。g.1164G/A和g.1197C/A的突變導致MBL-C蛋白質二級結構改變,突變型氨基酸多肽鏈缺失了一個C型凝集素結構域(C-type1ectin domain)。蛋白質二硫鍵分析發(fā)現(xiàn),突變導致了二硫
5、鍵數(shù)量、成鍵強度和成鍵位置的改變,可能影響蛋白質的裝配。
3.相關性分析表明,MBL2基因與精液品質、公牛后裔生產性能和乳房炎抗性具有相關性。g.905W/M、g.1164G/A、g.1197C/A位點的野生型和g.895A/T、g.1198W/M位點的雜合子為有利基因型,在精子活力和精子密度方面具有優(yōu)勢。g.895A/T、g.905W/M、g.1198W/M位點的野生型及g.1197C/A位點的雜合子基因型為有利基因型,在乳
6、房炎抗性和產奶性能方面具有優(yōu)勢。
4.對MBL2基因在奶牛不同組織中的表達分布分析表明,牛MBL2 mRNA在肝臟、心臟、乳腺、肺、腎臟和肌肉組織中均有表達,在肝臟中表達量最高?;既榉垦讉€體的肝臟和乳腺組織中MBL2基因的表達量顯著高于健康個體(p<0.05),健康和患乳房炎奶牛的肺、腎和肌肉組織MBL2基因均為低表達。
綜上所述,牛MBL2基因5'調控區(qū)和外顯子區(qū)具有豐富的多態(tài)性,其可能通過影響基因表達和MBL-C
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